Hvordan finne Aminosyre Sequence

Hva er Aminosyre

Aminosyrer er de grunnleggende byggesteinene av alle proteinene i kroppen vår. Kan det være et hormon, et enzym, et strukturelt protein som keratin, alle disse består av aminosyrer. Aminosyrer polymeriserer for å produsere proteiner. Siden hver aminosyre har en basisk -NH2-ende og en sur -COOH-ende, reagerer disse terminaler med hverandre og gjør en kjede av aminosyrer som kalles et polypeptid. Et polypeptid kan inneholde en rekke aminosyrer. Avhengig av rekkefølgen av aminosyrer, også kjent som aminosyresekvensen, kan proteiner avvike fra hverandre. Sekvenseringen er av største betydning fordi den bestemmer om proteinet fungerer riktig eller ikke.

Aminosyrer polymeriserer ikke tilfeldig. Denne prosessen er svært regulert. Koden til hvert protein lagres i en DNA-sekvens som først transkripseres til en m-RNA-sekvens (i høyere organismer DNA spaltes før konvertering til m-RNA hvor de uønskede DNA-sekvensene ligger mellom gener blir fjernet) og deretter m- RNA blir oversatt til en aminosyresekvens. 

(A = Adenin, T = Thymine, G = Guanin, C = Cytosin, U = Uracil i m-RNA t erstattes med U)

Hvis vi betrakter DNA som et fire bokstavs alfabet, og det kan lage tre bokstavsord, kalles disse tre bokstavsordene Codons. Hver av disse kodonene står for en bestemt aminosyre. Derfor, hvis en DNA-sekvens eller m-RNA-sekvens er gitt, kan vi muligens forutsi aminosyresekvensen. Det virkelige problemet er da DNA er et lineært utvalg av informasjon, vi bør ha noen regler for å starte og stoppe i riktig posisjon.

Få trinn for å finne aminosyresekvens

• TRINN 1  - Vet hvilken DNA-streng som er gitt. Det er to tråder: Kodingstreng eller ikke-kodende streng.

 

Man kan enten lese kodingsstrengen fra 3 'til 5' eller lese malstrengen fra 5 'til 3' når man lager den tilsvarende m-RNA-strengen.

• STEG 2 - Skriv den tilsvarende m-RNA-strengen.

Bruke Kodingstreng: (A = U, T = A, G = C, C = G) Les fra venstre til høyre

Bruke malstreng: (T = U) Les fra venstre til høyre

Vi kan se at vi oppnår samme rekkefølge uavhengig av hvilken streng som brukes.

• TRINN 3 - Konverter m-RNA som en sekvens av kodoner. Start ALDRI fra kodonet AUG og ALDRI telle det samme nukleotid to ganger!

• TRINN 4 - Bruk nedenstående tabell for å finne den relevante aminosyresekvensen.

Husk også,
en. Startkodon AUG står for metionin.
b. Hvis du kommer over en stoppkodon UAA, UGA, UAG, bør du stoppe sekvensering.

Sjekk om du ender med svaret som er vist nedenfor:

Met-Leu- Asp-Val-Phe-STOP