Forskjellen mellom sonde og primer

Hovedforskjell - Probe vs Primer

PCR er en teknikk som brukes i bioteknologi for å amplifisere spesifikke DNA-fragmenter for forskjellige formål. Sonde og primer er to typer enkeltstrengede, oligonukleotider som brukes i forskjellige typer PCR. Probes brukes hovedsakelig i qPCR mens syntetiske primere brukes i alle typer PCR. De hovedforskjell mellom sonde og primer er at sonden er det sonden brukes til å detektere nærværet av et spesifikt DNA-fragment i blandingen gjennom hybridiseringen med et dobbeltstrenget DNA, mens primer brukes i initiering av polymerasekjedereaksjonen ved hybridisering med enkeltstrenget DNA. Generelt brukes primere ved initiering av DNA-replikasjon inne i cellen. Prober brukes også i hybridiseringsreaksjoner.

Nøkkelområder dekket

1. Hva er en Probe
     - Definisjon, design, betydning
2. Hva er en Primer
     - Definisjon, design, betydning
3. Hva er likhetene mellom sonde og primer
    - Oversikt over vanlige funksjoner
4. Hva er forskjellen mellom sonde og primer
   - Sammenligning av nøkkelforskjeller

Nøkkelbetingelser: Hybridisering, oligonukleotider, PCR, Primer, Sonde, QPCR

Hva er en Probe

Sonde er et fragment av DNA eller RNA som brukes til å detektere nærvær av et spesifikt DNA-fragment i en prøve. Derfor kan probes brukes til to typer teknikker, i qPCR og i hybridiseringsreaksjoner. Fire fakta bør vurderes ved utformingen av en sonde.

1. plassering - Sondene skal hybridisere med DNA-strengen i nærhet av revers eller fremover-primeren. Men det bør ikke overlappe med primerbindingsstedene. Vanligvis hybridiserer probene med enten streng av DNA-dupleksen.
2. Smeltepunktstemperatur (Tm) - Sondens smeltetemperatur bør være 6-8 ° C høyere enn for primrene.
3. Annealingstemperatur (Ta) - Annealingstemperaturen til forsøket skal være 5 ° C under smeltetemperaturen til primere.
4. GC innhold - GC-innholdet i sonden bør være 35-65%. 5-enden av sonden bør ikke inneholde en G.

I qPCR er prober merket med fluorescerende fargestoffer eller radioaktive elementer. Disse prober hybridiseres med målsekvensen i DNA-dupleksen. Ulike typer merkede prober, enten med radioaktive elementer eller fluorescens, brukes også i forskjellige typer hybridiseringsreaksjoner. Hybridiseringen av PNA-prober til deres målsekvenser er vist i Figur 1. PNA-prober brukes til å bestemme lengden på telomerene.

Figur 1: Hybridisering av PNA Probes

Under hybridisering binder prober til det enkeltstrengede DNA på en komplementær måte. 

Hva er en Primer

Primer refererer til en kort streng av DNA eller RNA som tjener som utgangspunkt for DNA-syntese. RNA-primere blir brukt inne i cellen for å initiere DNA-replikasjonen ved hjelp av DNA-polymerase. Syntetiske DNA-primere brukes hovedsakelig i PCR for å amplifisere det ønskede DNA-fragment. Målsekvensen flankeres av to primere kjent som fremre primer og revers primer. spesifisitet og komplementaritet er de primære faktorene i utformingen av primere. Sekundære strukturer bør også unngås. Andre faktorer som bør vurderes under utformingen av primere er beskrevet nedenfor.

1. Smeltepunktstemperatur (Tm) - Den optimale smeltetemperaturen for både forover og bakre primer skal være 60-64 ° C.
2. Annealingstemperatur - Annealingstemperaturen i forsøket skal være 5 ° C under smeltetemperaturen til hver primer.
3. GC innhold - GC innholdet av primere bør være 35-65%.

Annealing av den fremre og bakre primer til de to strengene av mål-DNA er vist i figur 2.

Figur 2: Primer Annealing

I DNA-sekvensering blir primere anvendt i amplifikasjonen av målfragmentet. Primerer kan merkes med enten radioaktive elementer eller fluorescens for ulike gjenkjenningsformål. 

Likheter mellom Probe og Primer

• Sonde og primer er to typer enkeltstrengede, oligonukleotider som anvendes i forskjellige PCR teknikker for å hybridisere med komplementært DNA.
• Både probe og primer er spesifikke for et bestemt DNA-fragment.
• Både probe og primer kan enten være DNA / RNA.
• Begge prober og primer har spesifikke temperaturer til anneal med målsekvensen.
• Både sonde og primer kan innvikles med en fluorofor for deteksjonen.

Forskjellen mellom sonde og primer

Definisjon

Sonde: Sonde er et fragment av DNA eller RNA som brukes til å detektere nærvær av et spesifikt DNA-fragment i en prøve.

primer: Primer er en kort streng av DNA eller RNA som tjener som utgangspunkt for DNA-syntese.

rolle

Sonde: Prober brukes til å detektere et bestemt DNA-fragment i qPCR.

primer: Primerer brukes til å initiere DNA-replikasjonen. Den brukes også ved initiering av PCR.

Lengde

Sonde: Lengden på en sonde kan variere fra 25-1000 basepar.

primer: Lengden på en primer kan variere fra 18-22 basepar.

hybridisering

Sonde: Prober hybridiseres med dobbeltstrenget DNA.

primer: Primers hybridiseres med enkeltstrenget DNA.

Merking

Sonde: Prober er generelt merket med en fluorofor for deteksjonen.

primer: Primers kan merkes basert på formålet.

Konklusjon

Sonde og primer er to typer enkeltstrengede oligonukleotider som brukes i forskjellige typer PCR. Prober brukes i påvisning av spesifikke DNA-fragmenter i qPCR. Primerer brukes til å initiere DNA-replikasjon inne i cellen, og de brukes også ved initiering av PCR. Derfor er hovedforskjellen mellom probe og primer deres formål.

Henvisning:

1. Designe PCR-primere og prober, Integrert DNA Technologies, tilgjengelig her.

Bilde Courtesy:

1. "Q-FISH-arbeidsflyt" Av Jclam på engelsk Wikipedia (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia
2. "Primers RevComp Elongation" Av Richard Wheeler (Zephyris) - Eget arbeid (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia