Forskjellen mellom Exome og Transcriptome

De hovedforskjell mellom exome og transkriptom er det exome er den komplette sekvensen av alle exoner i proteinkoding-gener i genomet, mens transkriptomet er samlingen av messenger-RNA-molekyler avledet fra proteinkoding-gener. Videre dekker eksome 1-2% av totalgenomsekvensen mens transkriptom utgjør mindre enn 4% av det totale RNA i cellen. 

Eksom og transkriptom er to samlinger av sekvenser i proteinkoding-gener i genomet. Begge har ulike anvendelser i genomiske studier, så vel som i sykdomsdiagnose. 

Nøkkelområder dekket 

1. Hva er Exome
     - Definisjon, fakta, teknikker
2. Hva er Transcriptome
     - Definisjon, fakta, teknikker
3. Hva er likhetene mellom eksem og transcriptome
     - Oversikt over vanlige funksjoner
4. Hva er forskjellen mellom eksome og transcriptome
     - Sammenligning av nøkkelforskjeller

Nøkkelord

Exon, Exome, mRNA, protein-kodende gener, transkriptom

Hva er Exome 

Exome er samlingen av exoner i de proteinkoding gener av genomet av en bestemt organisme. Den kodende sekvens av genomet er gruppert i gener, som kan enten være kodet for proteiner eller RNA. I det prokaryote genomet blir koderingssekvensen ikke avbrutt av andre sekvenser mens det i det eukaryote genomet avbrytes den kodende sekvens av genet av ikke-kodende sekvenser kalt introner. Derfor kalles de klyngede kodende sekvensene exoner.

Figur 1: Exons og Introns

I proteinkoding-gener transskriberer RNA-polymerase introner samt exoner i forløper-mRNA under transkripsjon. De innlemmede intronene fjernes under følgende post-transkripsjonelle modifikasjoner. Den viktigste teknologien som brukes i studien av exome er hele-exome sekvensering (WES). WES er involvert i hybridiseringen av fragmentert DNA av et bestemt genom for å identifisere mål-DNA-sekvensene fulgt av sekvensering. 

Hva er Transcriptome 

Transkriptom er det totale settet av mRNA uttrykt i en celle. Den står for mindre enn 4% av den totale RNA i cellen. Siden transkriptomet spesifiserer sammensetningen av proteomet, bestemmer den den biokjemiske kapasiteten til den aktuelle cellen. Også, transkriptom av en bestemt celle kan ikke syntetiseres, og den kommer alltid til dattercellen fra foreldrecellen under celledeling. Således er transkripsjon, som er prosessen med å produsere RNA, trinnet for vedlikehold av transkriptomet.

Figur 2: Transkriptom av pluripotentcelle

På den annen side, selv om hver celle inneholder informasjon for produksjonen av hele transkriptomet av arten, er de uttrykkende gener i cellen avhengig av miljøfaktorene også. De to hovedteknologiene som brukes i studiet av transkriptomer er microarray og RNA-seq. 

Likheter mellom Exome og Transcriptome 

• Eksom og transkriptom er to sett med nukleotidsekvenser funnet i genomet. 
• Begge er assosiert med informasjonen i proteinkoding-gener. 
• De består av exoner. 

Forskjellen mellom Exome og Transcriptome 

Definisjon 

Exome refererer til den delen av genomet som består av exoner, som koder informasjon for proteinsyntese mens transkriptom refererer til summen av alle messenger-RNA-molekylene uttrykt i gener av en organisme. Hovedforskjellen mellom exome og transkriptome er således selvforklarende fra denne definisjonen.

Betydning 

Derfor er exomen det totale settet av exoner i proteinkoding-gener, mens transkriptomet er det totale settet av mRNAer uttrykt i cellen. 

DNA eller RNA 

Også exomet består av DNA mens transkriptom består av RNA. 

Beløp 

Exome representerer 1-2% av totalgenomet mens transkriptom representerer mindre enn 4% av det totale RNA i cellen.

Nivå 

En annen forskjell mellom exome og transkriptom er at exomen er i genomisk nivå mens transkriptomet er i transkripsjonsnivået. 

teknikker 

Videre er hel-eksome-sekvensering teknikken for å bestemme exomen mens mikroarray og RNA-seq bestemmer transkriptomet. 

Konklusjon 

Exomen er hele settet av exoner i genomet bestemt av WES av genomet. Derfor er exome et DNA-basert konsept. Men transkriptom er et RNA-basert konsept siden det er hele settet av mRNAer i cellen. Hovedforskjellen mellom exome og transkriptom er deres konsept. 

Henvisning:

1. Warr, Amanda et al. "Exome Sequencing: Nåværende og fremtidige perspektiver." G3: Genes | Genomes | Genetics 5.8 (2015): 1543-1550. PMC. Web. 6 september 2018. Tilgjengelig her
2. Brun TA. Genomer. Andre utgave. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Kapittel 3, transkriptomer og proteomer. Tilgjengelig her

Bilde Courtesy:

1. "DNA exons introner" Av National Human Genome Research Institute - (Public Domain) via Commons Wikimedia  
2. "Transkriptomet av pluripotente celler" Av Grskovic, M. og Ramalho-Santos, M., The pluripotent transcriptome (10. oktober 2008), StemBook, red. Stem Cell Research Community, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. - [1] DirectStemBook Figur 2 Transkriptomet av pluripotente celler. Grskovic, M. og Ramalho-Santos, M., pluripotent transkriptom (10. oktober 2008), StemBook, red. Stem Cell Research Community, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia