Forskjellen mellom eksom og RNA sekvensering
Share
Nøkkelforskjell - Exome vs RNA Sequencing
Nukleinsyresekvensering er teknikken som bestemmer rekkefølgen av nukleotider i et bestemt fragment av DNA eller RNA av en organisme. Sekvensering er viktig for å identifisere DNA og RNA sminke av cellen og skille mellom bestemte gener som koder for funksjonelle proteiner; Derfor kan sekvensering brukes til å forstå mutasjonene av disse genene og genuttrykkene. Sanger-sekvenseringsmetode eller de mer avanserte sekvenseringsmetodene i neste generasjon er sekvenseringsmetodene som ofte benyttes. Exome sekvensering er sekvenseringen av det komplette settet av exoner eller kodende DNA-regioner som er tilstede i en organisme, mens RNA-sekvensering er sekvenseringsprosedyren for ribonukleinsyrer (RNA). Dette er nøkkelen forskjellen mellom exome og RNA sekvensering.
INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er Exome Sequencing
3. Hva er RNA sekvensering
4. Likheter mellom eksom og RNA sekvensering
5. Side ved side-sammenligning - Exome vs RNA-sekvensering i tabellform
6. Sammendrag
Hva er Exome Sequencing?
Exome er en delmengde av genomet som består av kodende gener av en bestemt organisme. Koding gener er kalt exoner og transkriberes til mRNA og deretter oversatt til aminosyresekvenser. Under post-transkripsjonelle modifikasjoner fjerner RNA-spleisemekanismen i eukaryoter introner (ikke-kodende regioner), og exonene forblir. Det er to hovedteknikker der exome sekvensering er gjort: løsning basert og array basert.
I løsningsbasert exome-sekvensering fragmenteres DNA-prøver ved å bruke enten restriksjonsenzymer eller mekanisk metode og denatureres ved varme. I denne teknikken brukes biotinylerte oligonukleotidprober (baits) for selektivt å hybridisere med målområder i genomet. Magnetiske streptavidinperler brukes til bindingssteget. Binding etterfølges av et vaske-trinn der de ubundne og ikke-målrettede sekvensene vaskes bort. De bundet mål amplifiseres deretter ved anvendelse av polymerase-kjedereaksjon (PCR) og deretter sekvenseres ved bruk av Sanger-sekvensering eller neste generasjons sekvenseringsteknikker.
Figur 01: Exome Sequencing
Arraybasert metode ligner også løsningsbasert metode, bortsett fra at DNA-fragmenter er fanget inn i en mikrotabel, og deretter følger bindings- og vaske-trinnene før de blir sekventert..
Exome sekvensering brukes i mange applikasjoner som genetisk diagnose av sykdommer, i genterapi, ved å identifisere nye genetiske markører, i landbruket for å identifisere ulike gunstige agronomiske egenskaper og i planteavlprosedyrer.
Hva er RNA sekvensering?
RNA-sekvensering er basert på transkriptomet, som er de fullstendige transkripsjoner av cellen. Hovedmålene for RNA-sekvensering er å katalogisere alle transkripsjonsartene, inkludert mRNA, ikke-kodende RNA og lite RNA, for å bestemme generasjons transkripsjonstrukturen og å kvantifisere uttrykksnivåene for hvert transkript under utvikling. Under RNA-sekvensering ble hybridiseringsteknologier (som var komplementært DNA avledet fra modne mRNA-sekvenser) i utgangspunktet brukt til sekvensering. I dag brukes en mer nøyaktig og avansert teknikk til RNA-sekvensering.
Figur 02: RNA-sekvensering
Ved RNA-sekvensering kan en prøve av RNA som kan være totalt RNA eller fraksjonert RNA omdannes til dets komplementære DNA (cDNA) ved bruk av revers transkripsjon, og et cDNA-bibliotek fremstilles. Hvert cDNA-fragment er festet til adaptere på begge sider (parendesekvensering) eller på den ene siden (enkeltsekvens-sekvensering). Disse merkede sekvensene sekvenseres ved hjelp av Sanger-sekvensering eller neste generasjon, som exome-sekvensering.
Hva er likhetene mellom eksom og RNA sekvensering?
- Kortvalgte fragmenter eller hele settet av DNA / RNA kan brukes til eksome- eller RNA-sekvensering.
- Sequenced fragmenter er bevart i biblioteker.
- Sanger sekvensering eller Next Generation sekvensering kan brukes.
- Begge er in vitro-sekvenseringsmetoder.
- Sequenced fragmenter kan bestemmes av fluorescerende koder.
Hva er forskjellen mellom eksome og RNA sekvensering?
Exome vs RNA sekvensering | |
| Eksem sekvensering er sekvenseringen av det komplette settet av exoner eller kodende DNA-regioner som er tilstede i en organisme. | RNA-sekvensering refererer til sekvenseringsprosedyren for ribonukleinsyrer (RNA); transkriptomet. |
| Startprøve | |
| Genomisk DNA er startprøven av eksome-sekvensering. | RNA er startprøven av RNA-sekvensering. |
| sammensetning | |
| Dette inneholder bare kodende regioner av det totale DNA kjent som Exons | Dette inneholder RNA-mRNA / transkriptom. |
| sekvense~~POS=TRUNC | |
| Det er to hovedmetoder for exome-sekvensering; løsningsbasert og arraybasert teknologi. | RNA-sekvensering utføres ved fremstilling av et cDNA-bibliotek ved å ekstrahere det totale RNA eller fragmentert RNA. |
Sammendrag - Exome vs RNA Sequencing
Exome er det komplette settet av kodende regioner av en organisme, og teknikkene som er involvert i bestemmelsen av eksakt nukleotid rekkefølge av Exome er kjent som exome-sekvensering. RNA-sekvensering er teknikken involvert i bestemmelsen av nukleotidordningen av RNA av en organisme. Dette er forskjellen mellom exome og RNA sekvensering.
Last ned PDF Versjon av Exome vs RNA Sequencing
Du kan laste ned PDF-versjonen av denne artikkelen og bruke den til off-line formål som per sitatnotat. Vennligst last ned PDF-versjon her Forskjellen mellom Exome og RNA Sequencing
referanser:
1.Wang, Zhong, et al. "RNA-Seq: et revolusjonerende verktøy for transcriptomics." Naturanmeldelser. Genetikk, U.S. National Library of Medicine, Jan. 2009, Tilgjengelig her. Tilgang 3 september 2017.
2. Warr, Amanda, et al. "Exome Sequencing: Nåværende og fremtidige perspektiver." G3: Genes | Genomes | Genetikk, Genetics Society of America, Aug. 2015, Tilgjengelig her. Tilgang 3 september 2017.
Bilde Courtesy:
1. "Exome Sequencing Workflow 1a"Av Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2,5) via Commons Wikimedia
2. "Journal.pcbi.1004393.g002" Av SarahKusala - Eget arbeid (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia
