Forskjellen mellom koloni- og plaquehybridisering

De hovedforskjell mellom koloni og plakkhybridisering er at kolonihybridisering er metoden som benyttes ved valget av bakteriekolonier med de ønskede gener, mens plakkhybridiseringen er seleksjonsmetoden for fag med ønskede gener. Videre kan kolonihybridisering brukes i screeningen av plasmid- eller kosmidbaserte biblioteker, mens plakkhybridisering kan anvendes i screeningen av fagbiblioteker.

Koloni- og plakkhybridisering er to teknikker som brukes i screeningen av genomiske eller cDNA-biblioteker. De kalles også koloniheis og plakettheis henholdsvis.

Nøkkelområder dekket

1. Hva er Colony Hybridization
     - Definisjon, Type biblioteker, Screening Methods
2. Hva er Plaque Hybridization
     - Definisjon, Type biblioteker, Screening Methods
3. Hva er likhetene mellom koloni- og plaquehybridisering
     - Oversikt over vanlige funksjoner
4. Hva er forskjellen mellom koloni og plaque hybridisering
     - Sammenligning av nøkkelforskjeller

Nøkkelord

Koloni, Kolonihybridisering, Biblioteks Screening, Plaque, Plaque Hybridization

Hva er Colony Hybridization

Kolonihybridisering er en screeningsmetode som brukes ved valg av bakteriekolonier med en ønsket DNA-sekvens. Det kalles også koloni blott hybridisering, koloni heis eller kopi plating. Det muliggjør screening av kolonier plettert med høy tetthet. Den opprinnelige prosedyren for kolonihybridisering ble først utviklet av Grunstein og Hogness. For det første kan bakteriekolonier transformeres på en membran og bakteriekolonier lyseres og eksponerer nukleinsyrene. Da blir de eksponerte nukleinsyrene festet til membranen ved å denaturere dem og hybridiseres med de radioaktive prober.

Figur 1: Kolonihybridiseringsmetode

En koloni er en klynge av bakterier utviklet fra en enkelt bakteriecelle gjennom aseksuell reproduksjon. Derfor har alle bakterielle celler i en bestemt koloni samme genetiske sminke samt det transformerte genetiske materialet. Vanligvis transformeres bakterier ved hjelp av plasmid- eller kosmidvektorer.

Hva er Plaque Hybridization

Plakkhybridisering er screeningsmetoden for rekombinante fager. Det er en modifisering av kolonihybridisering av Benton og Devis i 1977. Metoden kalles også plakettheis. Plakkhybridiseringsprosedyre ligner kolonihybridiseringsprosedyren og plakkene løftes ved å kontakte dem til en nitrocellulosemembran. Nukleinsyrer blir så eksponert og festet til membranen, hybridiserende med ønskede prober.

Figur 2: Plaques på en agarplate

En plakett er en klar sone på en agarplate produsert av en bestemt bakteriofag ved lysering av bakterielle celler på dette området. På grunn av den mindre mengden DNA som overføres til nitrocellulosemembranen, gir plakkhybridisering færre bakgrunnssignaler.

Likheter mellom koloni og plaque hybridisering

• Koloni- og plakkhybridisering er to teknikker som brukes i screeningen av genomiske eller cDNA-biblioteker.
• Hovedprinsippet i begge teknikkene er nukleinsyrehybridiseringen.
• Begge er filterhybridiseringsmetoder, som tillater primær screening av biblioteker ved situ-replikasjon på en nitrocellulose-membran.
• De tillater høy tetthetsscreening.
• Et enkeltstrenget DNA-molekyl brukes som en probe, som kan hybridisere til sin komplementære sekvens for å identifisere de spesifikke sekvenser.
• Begge hybridiseringsteknikker er raske og kan håndtere et veldig stort antall kloner.
• De brukes til identifisering av ufullstendige gensekvenser, som ikke kan uttrykkes.

Forskjellen mellom koloni- og plaquehybridisering

Definisjon

Kolonihybridisering refererer til en metode for å velge bakteriekolonier med ønskede gener mens plakkhybridisering refererer til en screeningsmetode som anvendes ved identifisering av rekombinante fager.

Utviklet av

Kolonihybridiseringen ble først utviklet av Grunstein og Hogness mens plakkhybridiseringen først ble utviklet av Benton and Devis i 1977.

Typer av biblioteker

Kolonihybridisering innebærer identifisering av plasmid- eller kosmidbaserte biblioteker, mens plakkhybridisering innebærer identifisering av fagbiblioteker.

Antall heiser

Kolonier kan løftes for en enkelt stund mens plakkene kan løftes flere ganger.

Bakgrunnssignaler

Flere bakgrunnssignaler oppstår i kolonihybridiseringen mens bakgrunnssignalene er mindre i plakkhybridisering.

Konklusjon

Kolonihybridiseringen er en screeningsmetode for bakteriekolonier i bibliotekene produsert med plasmid- eller kosmidvektorer. På den annen side er plakkhybridisering en screeningsmetode for bakteriofager i fagbiblioteker. Hovedforskjellen mellom koloni og plakkhybridisering er typen av biblioteker som blir vist i hver metode.

Henvisning:

1. Kaksonen, Anna. "Molekylære tilnærminger for mikrobiell fellesskapsanalyse." Leaching - BioMineWiki, 20. april 2006, Tilgjengelig her
2. Dale, J W, og P J Greenaway. "Identifikasjon av rekombinante fager ved plaquehybridisering." Metoder i molekylærbiologi (Clifton, N.J.)., U.S. National Library of Medicine, tilgjengelig her

Bilde Courtesy:

1. "Blot Hybridization" Av Kaksonen - http://wiki.biomine.skelleftea.se/biomine/molecular/index_22.htm (Public Domain) via Commons Wikimedia 
2. "M. smegmatis plaque "Av Wazzzup7up - Eget arbeid (Public Domain) via Commons Wikimedia