Forskjellen mellom sløv og klebrig endigering

Nøkkelforskjell - Blunt vs Sticky End Ligation
 

Begrensningsendonukleaser er spesifikke enzymer som kutter dobbeltstrenget DNA (dsDNA). De er også kjent som molekylære saks i molekylærbiologi. Begrensningsenzymer er i stand til å gjenkjenne spesifikke korte sekvenser av dsDNA kjent som anerkjennelsessteder og klype fosfodiester og hydrogenbindinger for å åpne doble tråder. Som et resultat av spaltning av disse enzymer, blir DNA-fragmenter produsert med forskjellige typer ender, slik som klissete ender og stumme ender. DNA-ligase er et enzym som brukes i molekylærbiologi for å bli med to tilstøtende DNA-streng ved å danne nye bindinger. Trinnet er kjent som ligering og i henhold til typen av DNA-endelen ligert, kan de refereres til som en slank ende-ligering og klebrig endigering. Nøkkelen forskjellen mellom stump og klebrig endigering er det stump ende-ligering forekommer mellom DNA-fragmenter som inneholder to stumme ender mens klebrig endigering forekommer mellom 5'- og 3'-overheng. Sammenlignet med slank ende-ligering er klebrig ende-ligering mer effektiv og stabil.

INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er Blunt End Ligation
3. Hva er Sticky End Ligation
4. Side ved side-sammenlikning - Blunt vs Sticky End Ligation
5. Sammendrag

Hva er en Blunt End Ligation?

Noen restriktionsendonukleaser kan kutte DNA'et i motsatte baser og produsere stumpende DNA-fragmenter. Disse enzymer er kjent som stumme ende cutters; De klipper rett ned til midten av begrensningsstedet uten å forlate enkeltstrengede overhengende baser. Blunt ender er også kjent som ikke-overhengende ender siden de ikke har 3 'og 5' overhengende baser i endene. Begge strengene avslutter fra basepar i stumme ender. Vanlige slanke ende-skjæringsenzymer er EcoRV HaeIII, AluI og Smal.

Blunt ende-ligering er involvert mellom to stumpe ender. Det er ikke en ligering av fremspringende baser. Denne ligeringen er mindre effektiv enn klebrig endigering. Imidlertid blir stump ende-ligering i noen tilfeller mer fordelaktig enn klebrig endigering, spesielt ved ligering av PCR-produkter. PCR-produkter produseres alltid med stumme ender. Blunt ende-ligering krever ikke komplementære ender i DNA for ligeringen.

Figur 01: Stump endeproduksjon av Eco RV enzym

Hva er en Sticky End Ligation?

Noen restriktionsendonukleaser er i stand til å kutte dsDNA, og etterlater et overhengende stykke enkeltstrenget DNA på slutten. Disse ender er kjent som klissete eller overhengende ender. Sticky ende-ligering forekommer mellom to DNA-fragmenter som inneholder matchende overheng fordi klebrig endene er besatt med ikke-parrede baser og krever komplementære baser for å danne bindinger. Derfor er det nødvendig å bruke det samme restriksjonssymbolet for begge kilder til DNA for å produsere de matchende ligeringsfragmentene.

Klistret ende-ligering er mer effektiv og er ofte svært ønskelig i kloningsprosesser. Det er flere restriksjon enzymer som produserer klissete ender. De er EcoRI, BamHI, HindIII osv.

Figur 02: Sticky sluttproduksjon av Eco RI enzym

Hva er forskjellen mellom Blunt og Sticky End Ligation?

Blunt vs Sticky End Ligation
Blunt ende-ligering forekommer mellom to stumpe ende-DNA-fragmenter.	Sticky ende-ligering forekommer mellom to matchende DNA-fragmenter med klebrig endene.
enzymer
Stumpende kuttere produserer stumme ender.	Sticky ende cutters produsere klissete eller kohesive ender.
Krav på tilpasningsendringer
Det krever ikke matchende fragmenter eller komplementære baser.	Det krever utfyllende baser i enden for å danne basepar.
Effektivitet
Det er mindre effektivt enn klebrig endigasjon	Det er mer effektivt enn slank ende-ligering.

Sammendrag - Blunt vs Sticky End Ligation

Begrensningsendonukleaser er i stand til å spalte dsDNA og produsere DNA-fragmenter med forskjellige ender. De gjenkjenner bestemte sekvenser og begrenser DNA som skaper klissete og stumme ender. Klistremerker har ubøyde baser på slutten av fragmentene. Blunt ender er opprettet på grunn av en rett spaltning og de har basepar i endene. Sticky endigering krever to komplementære enkeltstrengede DNA-stykker. Blunt ende-ligering forekommer mellom hvilke som helst to stumpe endefragmenter. Dette er forskjellen mellom stump og klebrig ligering.

referanser:
1. Roberts, Richard J. "Hvordan restriksjon enzymer ble arbeidshestene i molekylærbiologi." Prosedyrer av National Academy of Sciences. National Acad Sciences, n.d. Web. 12. april 2017
2. Adnan, Amna. Bruk av Restriksjon Enzymer i Bioteknologi. N.p., n.d. Web. 12. april 2017

Bilde Courtesy:
1. "EcoRV Restriction Site.rsh" Av Ramin Herati - Laget med Inkscape (Public Domain) via Commons Wikimedia
2. "Restriction enzyme Eco RI" Av Tinastella - Eget arbeid (Public Domain) via Commons Wikimedia