Forskjell mellom roten og urotet fylogenetisk tre

Hovedforskjell - Rooted vs Unrooted Phylogenetic Tree
 

Phylogeny er et viktig felt som utforsker livet på jorden gjennom tiden. Det avslører forbindelsen mellom organismer med sine forfedre og etterkommere. Forholdet mellom organismer er diagrammatisk representert av forskjellige trelignende representasjoner som dendogram, kladogram, fenogram, fylogenografi etc. Et fylogenetisk tre er et forgrenende trelignende diagram som forklarer fylogenetiske forhold mellom organismer med mengden evolusjonær avstand. Det er to hovedtyper av fylogenetiske trær kjent som forankret og ikke-roterte. Nøkkelforskjellen mellom det rotte og det uløste fylogenetiske treet er det rotfestet tre viser den mest basale stamfaderen til treet samtidig som unrooted fylogenetisk tre viser ikke en stammefødt rot.

INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er et roten filogenetisk tre
3. Hva er et ubeskyttet fylogenetisk tre
4. Side ved side-sammenligning - Rødt mot ubeskyttet fylogenetisk tre
5. Sammendrag

Hva er et roten filogenetisk tre?

Et rotert fylogenetisk tre tjener som et nyttig diagram som viser evolusjonær historien. Den har en basal knutepunkt som kalles roten, som representerer den felles forfederen til alle gruppene av treet. Roten av et tre betraktes som det eldste punktet i treet som representerer den siste vanlige forfederen til alle grupper som er inkludert i treet. Et rotfestet tre viser derfor evolusjonstidens retning. Fra en enkelt art av et rotfestet tre, kan den felles forfedre eller arten forfedre bli funnet ved å spore tilbake til basalnoden. Siden det rotte treet skildrer retningen for evolusjonstid, er det lett å finne de eldre eller nyere gruppene den har. Et rotfestet tre kan brukes til å studere hele gruppen av organismer. Nøyaktig rotering av et fylogenetisk tre er en viktig og avgjørende faktor fordi unøyaktig oppretting kan føre til feil fortolkning av genetiske endringer mellom organismer og deres retningsstil i evolusjonen.

Figur 01: Et roten filogenetisk tre

Hva er et ubeskyttet fylogenetisk tre?

Et unrooted fylogenetisk tre er et fylogenetisk diagram som mangler en felles forfader eller en basal knutepunkt. Denne typen av tre angir ikke utviklingen av gruppene av interesse. Den avbilder bare forholdet mellom organismer uavhengig av retningen for evolusjonstidslinjen. Derfor er det vanskelig å studere gruppens evolusjonære relasjoner med hensyn til tid ved å bruke et urørt tre.

Det er to hovedveier å rote et uløftet fylogenetisk tre. De er

• Finne en utgående gruppe - Dette krever forkunnskap om forholdet mellom taxa. Deretter kan et taxon som ligger utenfor gruppen brukes som en utgruppe for å tegne et roten filogenetisk tre

• Finne midtpunktet eller avstanden - Midtpunktet til de fjerneste to taxaene i treet kan antas som en rot for det fylogenetiske treet.

Figur 02: Et uutviklet fylogenetisk tre

Hva er forskjellen mellom roten og urotet fylogenetisk tre?

Rooted vs Unrooted Phylogenetic Tree
Et rotert fylogenetisk tre er et diagram som viser gruppens siste felles forfedre.	Et urørt fylogenetisk tre viser sammenhenger mellom organismer uten å vise den felles forfederen.
node
Den har en node (root).	Det har ikke en node.
Evolusjonens retning
Den har en retning for å indikere evolusjonstid.	Det spesifiserer ikke et evolusjonært forhold.
Holdning til andre
Treet tillater å bestemme forfedrenes etterkommere forhold mellom grupper.	Træret tillater ikke å snakke om forfedre - etterkommere forhold.

Sammendrag - Rooted vs Unrooted Phylogenetic Tree

Et fylogenetisk tre representerer evolusjonerende veier og forbindelser mellom organismer ved hjelp av en forgrenet trelignende diagrammer. Phylogenetic tress kan være forankret eller uopprettet. Et rotfestet tre har en knutepunkt i basen, som representerer den felles forfederen som forbinder alle interessegrupper. Et urørt tre viser forholdet mellom organismer. Det skildrer imidlertid ikke den felles forfederen som alle gruppene deler. Dette er forskjellen mellom roten og ikke-roterende fylogenetisk tre.

referanser:
1. "Trær" Fakta: Roterte versus Unrooted Trees. "Nasjonalt senter for informasjon om bioteknologi. U.S. National Library of Medicine, n.d. Web. 4. april 2017
2. Graham, Sean W., Richard G. Olmstead, og Spencer C. H. Barrett. "Roterende filogenetriske trær med fjerne utgrupper: En case studie fra Commelinoid Monocots." Molekylærbiologi og Evolusjon. Oxford University Press, 01. oktober 2002. Web. 4. april 2017