Forskjellen mellom AFLP og RFLP

Nøkkelforskjell - AFLP vs RFLP

DNA-studier har en enorm betydning for å forstå og bestemme fylogenetiske relasjoner, diagnostisere genetiske sykdommer og kartlegge organismenes genomer. Flere teknikker assosiert med DNA analyse er også brukt for identifisering av et bestemt gen eller en DNA-sekvens i et basseng av ukjent DNA. De er kjent som molekylære markører. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) og Restriksjon Fragment Length Polymorphism (RFLP) er to slike molekylære markører (metoder) utviklet i molekylærbiologi for å oppdage genetisk variasjon mellom organismer. Begge metodene er like viktige og har fordeler og ulemper. Hovedforskjellen mellom AFLP og RFLP er det AFLP involverer selektiv PCR-amplifisering av det fordøyede DNA mens RFLP ikke involverer selektiv PCR-amplifisering av DNA-fragmentene.

INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er AFLP
3. Hva er RFLP
4. Side ved side-sammenligning - AFLP vs RFLP
5. Sammendrag

Hva er AFLP?

AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) er et viktig verktøy innen molekylærbiologi og brukes i stor grad i genetisk variasjonsanalyse. AFLP er basert på den spesifikke PCR-amplifikasjonen av det fragmenterte genomiske DNA og påvisning av polymorfismen ved autoradiografer via gelelektroforese. AFLP bidrar mye til å identifisere genetiske forskjeller i stammer eller nært beslektede arter av ulike kongedømmer, inkludert planter, dyr, bakterier og sopp. AFLP kan utføres med små mengder ukjente DNA-prøver. Det krever ikke tidligere sekvenskunnskap og utforming av prober.

Steg av AFLP

Isolering av DNA
Digestion av DNA med restriksjonsendonukleaser
Ligering av de begrensede DNA-fragmentene med adaptere
Selektiv amplifisering av fragmentene med spesifikke restriksjonssteder
Separasjon av PCR-produktene ved gelelektroforese
Visualisering av gelmatrisen ved autoradiograf

AFLP er en mer sensitiv og reproduserbar metode som kan brukes i DNA-profilering av flere taxa, inkludert sopp, bakterier, planter og dyr uten forkunnskaper om DNA-sekvenser. Det bidrar til å identifisere små forskjeller mellom individer i befolkninger på grunn av sin svært sensitive natur. AFLP er også viktig i genomskilt kartlegging, rettsmedisinske studier, foreldetesting, genotyping, etc..

Figur 01: AFLP

Hva er RFLP?

Restriksjon Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) er en teknikk som brukes til å detektere de genetiske variasjonene i homologe DNA-sekvenser. Det er den første metoden utviklet for DNA profilering. Organismer har unike DNA fingeravtrykk eller DNA profiler. RFLP tjener som et viktig verktøy for å analysere variasjonen mellom DNA-profiler av intraspesifikke eller nært beslægtede organismer, da homologe sekvenser har forskjellige restriksjonsseter (steder) som er unike for en bestemt organisme. Når homologt DNA spaltes med spesifikke restriksjonsendonukleaser, vil det resultere i forskjellige DNA-profiler som er unike for hver enkelt person. Derfor er rektor av denne metoden påvisning av genetisk variasjon blant organismer ved å begrense homologt DNA med spesifikke restriksjonsenzymer og analyse av fragmentlengdepolymorfismen via gelelektroforese og blotting. Blottemønstre er unike for hver organisme og karakteriserer de spesifikke genotyper.

Fremgangsmåte for RFLP

Isolering av tilstrekkelig mengde DNA fra prøver
Fragmentering av DNA-prøvene med spesifikke restriksjonsendonukleaser i kort sekvens
Separasjon av de resulterende fragmentene med forskjellige lengder med agarosegelelektroforese.
Overføring av gelprofilen til en membran ved Southern blotting
Hybridisering av membranen med merkede prober og analyse av fragmentlengdepolymorfismen i hver profil

RFLP er en svært viktig teknikk for å oppdage sykdomarv og oppdager risikoen for sykdomsforløpet blant familiemedlemmer. RFLP brukes også ofte i genomkartlegging, identifisering av kriminelle i rettsmedisin, faderskapstesting, etc. RFLP har også flere begrensninger. RFLP krever forkunnskap om sekvensdata for å designe prober for hybridisering. Det krever også isolering av tilstrekkelig mengde DNA fra prøven til analyse, noe som er vanskelig i rettsmedisinske studier.

Figur 01: RRFLP kartlegging

Hva er forskjellen mellom AFLP og RFLP?

ALFP vs RFLP
AFLP involverer selektiv PCR-amplifisering av det fordøyede DNA.	RFLP involverer ikke PCR med mindre det er PCR-RFLP.
Sequence Knowledge
Tidligere sekvens kunnskap er ikke nødvendig.	Forutgående sekvens kunnskap er nødvendig for å utformet RFLP prober.
Pålitelighet
Dette er mer pålitelig.	Dette er mindre pålitelig sammenlignet med AFLP.
Effektivitet ved å oppdage polymorfisme
Dette har en høyere effektivitet ved å oppdage polymorfisme enn RFLP.	Dette er mindre effektivt sammenlignet med AFLP.
Koste
Dette er litt dyrt sammenlignet med RFLP.	Dette er billigere sammenlignet med AFLP.
applikasjoner
AFLP har blitt anvendt på genomskilt kartlegging, DNA fingeravtrykk, genetiske mangfoldsstudier, faderskapstesting og rettsmedisin	RFLP-analyse er et viktig verktøy i genomkartlegging, lokalisering av gener for genetiske lidelser, bestemmelse av risiko for sykdom og faderskapstesting.

Sammendrag - AFLP vs RFLP

AFLP og RFLP er to teknikker som brukes som genetiske markører for evaluering av mangfold og vurdering av de genetiske forholdene i molekylærbiologi. AFLP fungerer som en effektiv og sensitiv metode for påvisning av genetisk polymorfisme mellom organismer enn RFLP. Imidlertid, selv om begge disse metodene har forskjellige effektiviteter i å oppdage genetiske variasjoner, blir de fortsatt brukt til DNA fingeravtrykk og sykdomsdiagnose.

Henvisning:
'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. og Anete P. De Souza. "Sammenligning av RAPD, RFLP, AFLP og SSR markører for mangfoldighetsstudier i tropiske maisinavlede linjer." Genetikk og molekylærbiologi. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19. mars 2017
2. "Restriksjon Fragment Length Polymorphism (RFLP)." National Center for Biotechnology Information. U.S. National Library of Medicine, n.d. Web. 19. mars 2017
3. Masiga D. K. og Turner C. M. (2004). "Amplified (restriction) fragment length polymorphism (AFLP) analyse". Metoder Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Web. 19. mars 2017

Bilde Courtesy:
1. "ALFP" Av Barbarossa på Dutch Wikipedia - Overført fra nl.wikipedia til Commons. (Offentlig domene) via Commons Wikimedia
2. "RFLP kartlegging" Av Retama - Eget arbeid (GFDL) via Commons Wikimedia

Biologi