Hva er forskjellen mellom enkelt fordøyd plasmid og dobbel fordøyd plasmid

De hovedforskjell mellom enkelt fordøyd plasmid og dobbelt fordøyd plasmid er det enkle restriksjonsenzymer resulterer i et enkelt fordøyd plasmid mens to forskjellige typer restriksjonsenzymer resulterer i en dobbeltfordelt plasmid. Videre kan innføringen av det fremmede DNA-fragmentet forekomme i begge orienteringer med enkelt fordøyede plasmider, mens innsatsen av det fremmede DNA-fragmentet bare skjer i riktig orientering med dobbeltfordelte plasmider.

Enkelt fordøjet plasmid og dobbeltfordelt plasmid er to typer plasmider som brukes i rekombinant DNA-teknologi for å produsere rekombinant DNA.

Nøkkelområder dekket

1. Hva er en enkelt fordøyd plasmid
     - Definisjon, Self-Ligation, Orientering
2. Hva er en dobbel fordøyd plasmid
     - Definisjon, dobbel fordøyelse, Orientering
3. Hva er likhetene mellom enkelt fordøyd plasmid og dobbel fordøyd plasmid
     - Oversikt over vanlige funksjoner
4. Hva er forskjellen mellom enkelt fordøyd plasmid og dobbel fordøyd plasmid
     - Sammenligning av nøkkelforskjeller

Nøkkelord

Double Digested Plasmid, Double Digestion, Orientering, Rekombinant Plasmid, Single Digested Plasmid, Single Digestion

Hva er en enkelt fordøyd plasmid

Enkelt fordøyede plasmider er en type plasmider som bare er spaltet med et enkelt restriksjonsenzym. Derfor kalles denne prosessen enkel fordøyelse. Generelt inneholder plasmider anvendt i rekombinant DNA-teknologi bare et enkelt restriksjonssted for et bestemt restriksjonsenzym. Derfor gjør enkel fordøyelse den sirkulære plasmid lineær, hvilket gir et enkelt DNA-fragment. De to ender av dette DNA-fragmentet er kompatible med hverandre; derfor kan de gjennomgå selv-ligering under den etterfølgende ligering med innsatsen. 

Figur 1: Enkelt fordøyd plasmid

Her må innsatsen også fordøyes med det samme restriksjonsenzym for å produsere kompatible ender med plasmidet. Derfor forekommer ligeringen i to mulige orienteringer: i retningen 5 'til 3' og 3 'til 5' orientering. Innleggene med samme orientering som promotorregionen kan imidlertid gjennomgå transkripsjon. Dermed er denne orienteringen kjent som riktig orientering. Før de fortsetter, må de rekombinante plasmidene med riktig orientering velges ved å screene de transformerte koloniene, enten ved PCR eller biokjemiske analyser.

Hva er en dobbel fordøyd plasmid

Dobbeltfordelt plasmider er plasmidene som gjennomgår dobbelt fordøyelse med to restriksjons enzymer. Her kan denne reaksjonen utføres i et enkelt rør. Begrensningssteder for begge fordøyelser forekommer innenfor restriktionsgenkjenningsstedet i plasmidet. Dermed resulterer dobbelt fordøyelsesreaksjon også i et enkelt DNA-fragment. Men hver av de to ender er produsert av et annet restriksjonsenzym. Derfor er disse ender ikke kompatible med hverandre og gjennomgår ikke selv-ligering.

Figur 2: Double Digested Plasmid

Viktigst av alt, kan innsatsen ligeres i riktig orientering med dobbelt fordøyede plasmider ved å fordøye endene av innsatsen for å ligere i riktig orientering. Derfor gir dobbeltdifferenserte plasmider bare de rekombinante plasmidene med riktig orientering, noe som gjør det etterfølgende valg av orienteringen unødvendig. Dette sparer tid siden det reduserer et komplett trinn fra den rekombinante DNA-produksjonsprosedyren.

Likheter mellom enkelt fordøyd plasmid og dobbelt fordøyd plasmid

• Enkeltdigert plasmid og dobbeltfordelt plasmid er to typer plasmider som brukes i rekombinant DNA-teknologi.
• Både enkelt fordøyelse og dobbel fordøyelse kan gjøres ved en enkelt trinns reaksjon.
• Også i begge er det fremmede DNA-fragment satt inn mellom de to ender av de fordøyede plasmidene.
• Videre gir både singel og dobbelt fordøyelse av et plasmid et enkelt DNA-fragment mens to DNA-fragmenter oppstår når et rekombinant plasmid fordøyes.

Forskjellen mellom enkelt fordøyd plasmid og dobbelt fordøyd plasmid

Definisjon

Enkelt fordøjet plasmid refererer til et plasmid fordøyd av et enkelt restriksjonsenzym mens dobbeltfordelt plasmid refererer til et plasmid fordøyd av to forskjellige restriksjons enzymer. Disse definisjonene forklarer hovedforskjellen mellom enkeltfordelt plasmid og dobbelt fordøyd plasmid.

Slutter

I enkeldigerte plasmider produserer fordøyelsen med det samme restriksjons-enzymet begge ender, mens fordøyelsen med et annet restriksjonsenzym produserer hver ende i dobbelt fordøyede plasmider. Derfor er dette en viktig hovedforskjell mellom enkelt fordøyd plasmid og dobbelt fordøyd plasmid.

Selv hemorroider

Videre er selv-ligering en viktig hovedforskjell mellom enkeltfordelt plasmid og dobbelt fordøyd plasmid. Endene av enkelt-fordøyede plasmider er kompatible med hverandre for selv-ligering mens endene av dobbeltfordøyte plasmider ikke er kompatible med hverandre for selv-ligering.

Betydning

Videre kan innsetting av fremmed DNA-fragment forekomme i begge orienteringer i de enkelt fordøydede plasmider, mens innsetting av fremmed DNA-fragment kan gjøres i riktig orientering i de dobbeltfordelte plasmidene.

Typer av rekombinante plasmider

Et enkeltfordelt plasmid kan produsere tre typer plasmider: to rekombinante plasmider med motsatte orienteringer og et selvligert plasmid uten en innsats. I mellomtiden kan et dobbeltfordelt plasmid produsere bare en type rekombinant plasmid, som er i riktig orientering. Dermed er dette en annen hovedforskjell mellom enkelt fordøyd plasmid og dobbelt fordøyd plasmid. 

Tidssparende

De rekombinante fragmentene av enkelt-fordøyede plasmider må velges for deres riktige orientering mens de dobbeltfordelte plasmidene sikrer riktig orientering av det fremmede DNA-fragment. Derfor sparer dobbeltfordelte plasmider tid i rekombinante DNA-teknikker, ikke enkeldelt plasmider.

Konklusjon

Enkelt fordøyede plasmider spaltes med et enkelt restriksjonsenzym, noe som resulterer i kompatible ender med selvligasjon. Dessuten kan deres ligering med det fremmede DNA-fragment forekomme i begge retninger. Derfor må rekombinante plasmider med riktig orientering velges. På den annen side fordøyes dobbeltfordelte plasmider med to forskjellige restriksjonsenzymer. Derfor er de to ender ikke kompatible for selv-ligering. I tillegg kan det fremmede DNA-fragment ligeres i riktig orientering med dobbeltfordøyede plasmider. Derfor er hovedforskjellen mellom enkeltfordelt plasmid og dobbelt fordøyd plasmid type fordøyelse og orienteringen av innsatsen.

Henvisning:

1. Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. En introduksjon til genetisk analyse. 7. utgave. New York: W. H. Freeman; 2000. Å lage rekombinant DNA. Tilgjengelig her