Slik leser du en plasmid kart

Et plasmidkart er de relative posisjonene til elementene i plasmidet. Et plasmidkart kan leses ved å forstå egenskapene til plasmidet. De er navnet og størrelsen på plasmidet, elementene i plasmidet, deres relative posisjoner og orienteringen av promotoren. Opprinnelsen til replikasjon (ORI), antibiotikaresistensgen, multiple kloningssted (MCS), innsats eller gen av interesse, promotorregion, selekterbar markør og primerbindingssted er elementene i et plasmid. De relative posisjonene til elementene i et plasmid kan bestemmes ved å kartlegge plasmidet. Prosessen involvert i kartlegging av plasmider kalles restriksjonskartlegging.

Nøkkelområder dekket

1. Hva er en plasmid kart
     - Definisjon, begrensningskort
2. Slik leser du en plasmid kart
     - Funksjoner av en Plasmid MapP

Nøkkelbetingelser: Elementer, navn og størrelse på plasmid, orientering av promotoren, plasmid kart, begrensningsenzymer, restriksjonskartlegging

Hva er en plasmid kart

Et plasmidkart er en grafisk fremstilling av et plasmid, som viser plasseringene til store landemerker eller elementer av plasmidet. De relative posisjonene til elementene i et plasmid kan identifiseres ved begrensning kartlegging. Et restriksjonskart er et kart over restriksjonsgenkjenningssteder i et bestemt plasmid. Derfor er det involvert i fordøyelsen av plasmidet med restriktjonsenzymer. Et restriksjonskart vises i Figur 1.

Figur 1: Begrensningskart

To metoder kan brukes i restriksjonskartlegging:

1. Restriksjonsfordøyelse

- Restriksjon fordøyelse av plasmidet med en eller to restriksjons enzymer

- Kartlegging av plasmidet basert på størrelsen på fragmentene resulterte fra plasmidet

2. Sequencing

- Sequencing hele plasmidet

- Identifikasjon av elementene i plasmidet

Slik leser du en plasmid kart

Figur 2: Plasmidkart

Lesingen av et plasmidkart fokuserer hovedsakelig på egenskapene til plasmidet. De er;

1. Navnet og størrelsen på plasmidet

• Navnet og størrelsen på plasmidet er indikert i midten av det sirkulære plasmidet.

2. Elementene i et plasmid -

• Opprinnelsesreplikasjon - DNA-sekvensen involvert i initiering av replikasjon ved rekruttering av det bakterielle transkripsjonsmaskineri.
• Antibiotisk resistensgen - tillater valget av plasmidholdige bakterier i et selektivt medium.
• Flere kloningssteder - en kort sekvens som består av flere restriksjonsgenkjenningssteder for innsetting av et fremmed DNA-fragment
• Sett inn - genet av interesse satt inn i plasmidet
• Promoterregion - bindingssted for RNA-polymerase under transkripsjon
• Valgbar markør - tillater valget av vellykket uttrykk for det innsatte genet
• Primerbindingssted - tjener som initieringssted for PCR-amplifisering av plasmidet for sekvensering

3. De relative posisjonene til elementene i plasmidet

• De relative posisjonene til plasmidelementene er kartlagt ved restriksjonskartlegging eller sekvensering.

4. Orienteringen av promotoren 

• Orienteringen av promotoren i plasmidet er viktig ved bestemmelse av orienteringen av alle de andre elementene i plasmidet, spesielt orienteringen av det innsatte genet. Transkripsjon er initiert ved 3'-enden av promotoren. Derfor bør genet være i riktig orientering for å kunne uttrykkes.

Konklusjon

Et plasmidkart kan leses ved å forstå egenskapene til plasmidkartet, så som plasmidets navn og størrelse, typen av elementer i plasmidet og deres relative posisjoner, og orienteringen av promotoren.

Henvisning:

1. "Hva er en plasmid?" Addgene, Tilgjengelig her.

Bilde Courtesy:

1. "PDONR221 Kart" Ved Nothingserious - Analysesekvens: pDONR221. Addgene. Hentet 24. januar 2016 (CC0) via Commons Wikimedia
2. "PGEX-3X kloningsvektor" Av Magnus Manske - Laget av Magnus Manske (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia