Forskjellen mellom VNTR og STR
Share
Hovedforskjell - VNTR vs STR
Gjentatt DNA er mønstrene av nukleinsyrer som forekommer i flere kopier gjennom genomet. De utgjør store mengder av det nukleære DNA i eukaryoter. Tandem gjentakelser er en av de store typene av repeterende DNA som kopierer repeterende sekvensenheter som ligger ved siden av hverandre, og danner en nukleotidblokk. VNTR (variabel antall tandem gjentakelser) og STR (korte tandem gjentagelser) er to typer tandem gjentakelser funnet i det eukaryote genom. VNTR er en type minisatellitt DNA mens STR er en type mikrosatellitt DNA. De hovedforskjell mellom VNTR og STR er det den repeterende enheten av VNTR er 10-60 basepar, mens den gjentatte enheten av STR er 2-6 basepar.
Nøkkelområder dekket
1. Hva er VNTR
- Definisjon, Funksjoner, Viktighet
2. Hva er STR
- Definisjon, egenskaper, betydning
3. Hva er likhetene mellom VNTR og STR
- Oversikt over vanlige funksjoner
4. Hva er forskjellen mellom VNTR og STR
- Sammenligning av nøkkelforskjeller
Nøkkelbetingelser: Rettsmedisin, Mikrosatellitt, Minisatellitt, Repeterende Nukleotid Enheter, STR, Tandem Gjentakelser, VNTR
Hva er VNTR
VNTR refererer til en type tandem gjentakelser hvor en kort sekvens av nukleotider (10-60 basepar) gjentas et varierende antall ganger i et bestemt sted. Derfor er VNTR også kjent som minisatellites. VNTR er interspersed gjennom kromosomene til det eukaryote genomet. Generelt varierer antall gjentatte enheter i en VNTR mellom enkeltpersoner. Derfor varierer lengden på arrayet dannet av VNTRs også mellom individer. Ettersom variant antall kromosomer er arvet fra foreldre, kan de brukes i foreldre- eller personlig identifikasjon. Variasjonen av VNTR i seks individer er vist i Figur 1.
Figur 1: VNTR-variasjon i enkeltpersoner
VNTR er de første typene polymorfier som brukes i DNA-profilering for å bestemme DNA-egenskapene til en bestemt person. De brukes også som genetiske markører i RFLP (restriksjon fragment lengde polymorphism), en teknikk som bruker PCR, gelelektroforese og produksjon av båndmønstre ved Southern Blotting.
Hva er STR
STR refererer til en type tandem gjentakelser hvor en kort sekvens av nukleotider (2-6 basepar) gjentas et varierende antall ganger i et bestemt sted. STR er en type mikrosatellitter, og de er også kjent som korte sekvensreplater (SSR) i plantegenetikk. De repeterende enhetene sammensatt av et enkelt nukleotid er kjent som enkelt nukleotidpolymorfisme (SNP). STR er den vanligste typen genetiske polymorfismer som analyseres for tiden i rettsmedisinske genetikk. DNA profilering med bruk av STR som genetiske markører er vist i figur 2.
Figur 2: DNA Profiling
Mutasjoner i noen av STR-områdene fører til genetiske sykdommer som fragile X syndrom og Huntingtons sykdom.
Likheter mellom VNTR og STR
- VNTR og STR er to typer tandem gjentakelser.
- Både VNTR og STR er strukturelle regioner av det eukaryote genom.
- Både VNTR og STR består av ikke-kodende DNA.
- BothVNTR og STR er arvet fra foreldrene.
- Både VNTR og STR er sammensatt av repeterende sekvenser, arrangere ved siden av hverandre i en matrise.
- Både VNTR og STR produserer genetisk polymorfisme.
- Både VNTR og STR er spredt gjennom genomet.
- Både VNTR og STR brukes som genetiske markører i rettsmedisinske genetikk.
- Mutasjoner i både VNTR og STR fører til genetiske sykdommer.
Forskjellen mellom VNTR og STR
Definisjon
VNTR: VNTR er en type tandemrepetisjon der en kort sekvens av nukleotider (10-60 basepar) gjentas et varierende antall ganger i et bestemt sted.
STR: STR er en type tandemrepetisjon der en kort sekvens av nukleotider (2-6 basepar) gjentas et varierende antall ganger i et bestemt sted.
Antall repeterende nukleotider
VNTR: VNTR består av 10-60 basepar.
STR: STR består av 2-6 basepar.
Type Repeterende DNA
VNTR: VNTR er en type minisatellitt-DNA.
STR: STR er en type mikrosatellitt-DNA.
Antall gjentakelser
VNTR: VNTR består av 10-1 500 gjentagelser i gruppen.
STR: STR består av 5-200 gjentagelser i gruppen.
Størrelsen på Array
VNTR: VNTR danner en rekkevidde på 0,5-15 kb.
STR: STR danner en rekkevidde på 10-1000 bp.
Arrayets kompleksitet
VNTR: VNTR produserer heterogene arrays.
STR: STR produserer homogene arrays.
Konklusjon
VNTR og STR er to typer tandem gjentakelser som danner arrays av tilstøtende repeterende enheter i det eukaryote genom. VNTR består av relativt lange repeterende enheter av nukleotider (10-60 basepar). STR består av korte repeterende enheter av nukleotider (2-6 bp). Hovedforskjellen mellom VNTR og STR er lengden på de gjentatte enhetene av hver type tandem-gjentakelser.
Henvisning:
1. "Variable number tandem repeat." ScienceDirect-emner, tilgjengelig her.
2. "The Science of Forensic Genetics." CRG - Rådet for ansvarlig genetikk, tilgjengelig her.
Bilde Courtesy:
1. "D1S80Demo" Av PaleWhaleGail på engelsk Wikipedia (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. "Stages of Gene Fingerprinting" Av Sneptunebear16 - Eget arbeid (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia
