Forskjellen mellom RNA Seq og Microarray

De hovedforskjell mellom RNA Seq og microarray er at RNA Seq (RNA Sequencing) tillater analysering av nye RNA- og RNA-varianter, mens mikroarrayet tillater analyse av transkriptomet ved bruk av kjente RNA-prober. Videre er RNA Seq en sekvenseringsbasert teknikk mens mikroarray er basert på hybridisering.

RNA Seq og microarray er to teknikker som brukes til å analysere transkriptom, som er total mRNA uttrykt av en organisme. De tillater å bestemme hvilke RNA-molekyler som er dannet på et bestemt cellulært stadium.

Nøkkelområder dekket

1. Hva er RNA Seq
     - Definisjon, Prosess, Betydning
2. Hva er Microarray
     - Definisjon, Prosess, Betydning
3. Hva er likhetene mellom RNA Seq og Microarray
     - Oversikt over vanlige funksjoner
4. Hva er forskjellen mellom RNA Seq og Microarray
     - Sammenligning av nøkkelforskjeller

Nøkkelord

Gene Expression Analysis, Hybridization, Microarray, RNA Seq, Sequencing

Hva er RNA Seq

RNA Seq (RNA-sekvensering) er en teknikk som bestemmer sekvensen av RNA molekyler i en prøve. RNA Seq involverer høy gjennomstrømnings haglgevoks-sekvensering av cDNA-molekyler. cDNA er oppnådd fra revers transkripsjon av RNA molekylene. Neste generasjons sekvensering innebærer bestemmelse av sekvensen av cDNA. RNA Seq tillater bestemmelse av RNA-sekvensen og deres relative overflod.

Figur 1: RNA Seq-prosess

RNA Seq er en svært pålitelig teknikk med et bredt spekter av følsomhet. Derfor kan det oppdage sjeldne og lave riklige RNA-sekvenser. Den unike egenskapen til RNA Seq er dens evne til å identifisere nye RNA-sekvenser og splitsingsvarianter.

Hva er Microarray

Microarray er en teknikk som i stor grad brukes til å analysere genuttrykk av en bestemt organisme. Den bruker definerte prober som hybridiseres med RNA-molekylene i prøven. De enkeltstrengede prober er festet til en fast overflate kjent som en chip som den fluorescerende merkede RNA-prøven hybridiseres med. Genomsekvenseringsdata kan brukes til å designe prober.

Figur 2: Microarray Process

For et raskt og enkelt eksperiment er mikroarray den beste teknikken i genuttrykksanalysen. Men probene må utformes på en slik måte at det også kan oppdages spleisvarianter.

Likheter mellom RNA Seq og Microarray

• RNA Seq og microarray er to teknikker som brukes i genuttrykksanalysen.
• De kan oppdage hvilke RNA-molekyler som er tilstede i en prøve på en bestemt tid.
• De er avhengige av RNA-sekvensen.
• Begge teknikkene kan bestemme primærsekvensen og den relative overflaten av RNA i en prøve.
• Reproducerbarhet av begge teknikkene er høy.

Forskjellen mellom RNA Seq og Microarray

Definisjon

RNA Seq refererer til en sekvenseringsbasert teknikk som detekterer RNA-sekvensene i en prøve mens mikroarray refererer til en hybridiseringsbasert teknikk som brukes til å detektere nærvær av spesifikke RNA-sekvenser i en prøve.

Basert på

RNA Seq er en sekvenseringsbasert teknikk mens mikroarray er en hybridiseringsbasert teknikk gjort med eksisterende prober.

Identifisere nye sekvenser

RNA Seq kan identifisere nye RNA-sekvenser som er tilstede i en prøve, mens mikroarray kun kan identifisere kjente sekvenser.

Følsomhet

Sensitiviteten til RNA Seq er høy, mens følsomheten til mikroarray er relativt lav.

nøyaktighet

Nøyaktigheten av RNA Seq-dataene er høy, mens nøyaktigheten av mikroarray-dataene er relativt lav.

SNP-deteksjon

RNA Seq kan identifisere SNP unntatt de novo SNPs for lav overflod RNA mens mikroarray ikke kan oppdage SNPs.

Koste

RNA Seq er dyrt ($ 300 - $ 1000 / prøve) på grunn av den omfattende bioinformatiske analysen som kreves av metoden mens microarray er billigere ($ 100-200 / prøve).

Konklusjon

RNA Seq er en sekvenseringsbasert teknikk som brukes til å bestemme RNA-sekvensene som er tilstede i transkriptomet mens mikroarray bruker spesifikke prober for å detektere nærvær av bestemte sekvenser i transkriptomet. Microarray kan ikke oppdage noen nye RNA-sekvenser så vel som mindre riklige RNA-sekvenser. Men i RNA Seq kan alle RNA-sekvensene i prøven identifiseres. Derfor er hovedforskjellen mellom RNA Seq og microarray typen deteksjon.

Henvisning:

1. Kukurba, Kimberly R., og Stephen B. Montgomery. "RNA sekvensering og analyse." Cold Spring Harbour protokoller 2015.11 (2015): 951-969. PMC. Web. 3. juli 2018, tilgjengelig her
2. Govindarajan, Rajeshwar et al. "Microarray and its Applications." Journal of Pharmacy & Bioallied Sciences 4.Suppl 2 (2012): S310-S312. PMC. Web. 3. juli 2018, tilgjengelig her

Bilde Courtesy:

1. "Sammendrag av RNA-Seq" Av Thomas Shafee - Eget arbeid (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia
2. "Sammendrag av RNA Microarray" Av Thomas Shafee - Eget arbeid (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia