Forskjellen mellom proteomikk og transcriptomics

De hovedforskjell mellom proteomics og transkriptomics er at proteomics er studien av hele settet av proteiner produsert av en bestemt organisme mens transcriptomics er studien av hele settet av mRNA syntetisert av en bestemt organisme.

Proteomikk og transkriptomikk er to områder hvor genuttrykk av en bestemt organisme er studert.

Nøkkelområder dekket

1. Hva er Proteomics
     - Definisjon, fakta, applikasjoner
2. Hva er transcriptomics
     - Definisjon, fakta, applikasjoner
3. Hva er likhetene mellom Proteomics og Transcriptomics
     - Oversikt over vanlige funksjoner
4. Hva er forskjellen mellom Proteomics og Transcriptomics
     - Sammenligning av nøkkelforskjeller

Nøkkelord

Anvendelser, mRNA, Proteiner, Proteomics, Techniques, Transcriptomics

Hva er Proteomics

Proteomics er den omfattende studien av proteomer. Proteomet refererer til hele settet av proteiner produsert av en bestemt organisme eller en celle. Derfor har en bestemt type organisme eller celle et unikt proteom. De viktigste undersøkelsesområdene av proteomics er som følger.

• 3D struktur prediksjon av et protein;
• Påvisning av stedet og tidspunktet for proteinsyntesen;
• Prisene for produksjon av proteiner, nedbrytning og steady state overflod;
• Protein modifikasjoner som post-translasjonelle modifikasjoner;
• Proteintransport mellom subcellulære rom;
• Engasjement av proteiner i metabolske veier;
• Interaksjon av proteiner med hverandre.

  Figur 1: Eksempler på proteinstrukturer tilgjengelig fra FBF

Flere høy-throughput teknologier som massespektroskopi og forskjell i gelelektroforese (DIGE) er involvert i proteomiske studier.

Hva er transcriptomics

Transcriptomics er studiet av transkriptomet til en bestemt organisme eller celle. Transkriptom refererer til hele settet av mRNA i organismen eller cellen. Imidlertid refererer det noen ganger også til hele settet av RNA. Transkriptom varierer med de miljømessige forholdene organismen eller cellen har å møte. Derfor reflekterer det settet av RNA uttrykt på en bestemt tid under et gitt sett av betingelser. Transcriptomics inkluderer undersøkelsen av både ekspresjonsprofilering og skivevariantanalysen. DNA mikroarrays og RNA Seq er de to hovedteknologiene som brukes i transcriptomics.

Figur 2: Microarray og RNA Seq

Likheter mellom Proteomics og Transcriptomics

• Proteomikk og transkriptomikk er to typer felt som studerer genuttrykk av en bestemt organisme eller en type celler.
• Høy gjennomstrømmingsteknikk brukes i både proteomikk og transkriptomikk.

Forskjellen mellom proteomikk og transcriptomics

Definisjon

Proteomikkene refererer til studien av proteomer og deres funksjoner mens transskriptomene refererer til studiet av transkriptomer og deres funksjoner.

Type studie

Proteomics studerer hele settet av proteiner uttrykt mens transcriptomics studerer hele settet av mRNA uttrykt i en bestemt organisme.

fenomener

Proteomikkene studerer 3D-strukturen og funksjonen av proteiner og protein-protein-interaksjoner mens transcriptomics studerer sekvensstrukturen, interaksjoner med miljøet og anvendelser av mRNA.

teknikker

Proteomikk innebærer massespektroskopi og differensgelgelelektroforese (DIGE) mens transkriptomikk involverer DNA-mikroarray og RNA Seq som teknikker.

Viktige områder

Noen av de viktige områdene av proteomikkene er proteome databaseutviklinger som SWISS-2DPAGE og programvareutvikling for datamaskinstøttet stoffdesign mens transcriptomics involverer i studiet av celledifferensiering, karsinogenese, molekylære mekanismer og signalveier som kontrollerer tidlig embryonal utvikling, som biomarkører for risikovurdering av narkotika eller kjemikalier, og utlede fylogenetiske relasjoner mellom enkeltpersoner.

Konklusjon

Proteomikk er studien av hele settet av proteiner av en bestemt organisme, mens transcriptomikkene er studien av hele settet av mRNA av organismen. Derfor er hovedforskjellen mellom proteomikk og transkriptomikk studietypen.

Henvisning:

1. "Hva er Proteomics?" Proteomics: En introduksjon til EMBL-EBI Resources, 8. juni 2016, tilgjengelig her
2. Lowe, Rohan et al. "Transcriptomics Technologies." PLoS Computational Biology 13.5 (2017): e1005457. PMC. Web. 10. juli 2018, tilgjengelig her

Bilde Courtesy:

1. "Proteinstruktureksempler" Av Axel Griewel - Eget arbeid (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. "Microarray and sequencing flow cell" Av Thomas Shafee - Eget arbeid (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia