Forskjellen mellom gelelektroforese og SDS-side

De hovedforskjell mellom gelelektroforese og SDS PAGE er det gelelektroforese er en teknikk som brukes til å separere DNA, RNA og proteiner, mens SDS PAGE er en type gelelektroforese som hovedsakelig brukes til å separere proteiner. Generelt gir SDS PAGE en bedre oppløsning enn den vanlige gelelektroforeseen.  

Gelelektroforese og SDS PAGE er teknikker innen bioteknologi som bidrar til separasjon av makromolekyler basert på ladning og størrelse. Vanligvis bruker gelelektroforese agarosegel-stabber for separasjonen mens SDS PAGE bruker polyakrylamidgel-stabber.  

Nøkkelområder dekket 

1. Hva er Gel Electrophoresis
     - Definisjon, Prosedyre, Betydning
2. Hva er SDS PAGE
     - Definisjon, Prosedyre, Betydning
3. Hva er likhetene mellom Gel Electrophoresis og SDS PAGE
     - Oversikt over vanlige funksjoner
4. Hva er forskjellen mellom gelelektroforese og SDS-side
     - Sammenligning av nøkkelforskjeller

Nøkkelbetingelser: Agarose, DNA, gelelektroforese, polyakrylamid, proteiner, SDS-side 

Hva er Gel Electrophoresis 

Gelelektroforese er en teknikk som separerer fragmenter av makromolekyler som DNA, RNA og proteiner basert på deres størrelse og ladning. Under gelelektroforese beveger makromolekylene seg under påvirkning av et elektrisk felt på en gelmatrise, som inneholder porer gjennom hvilke makromolekylene beveger seg. Gelelektroforese er den generelle teknikken som analyserer DNA fra PCR, RFLP, kloning, DNA-sekvensering eller blottingsteknikker. Nanopartikler kan også skilles ved gelelektroforese. Gel-staben er fremstilt fra et polysakkarid som kalles agarose avledet fra tang. Agarose geler består av langkjente agarosemolekyler som er forbundet som en edderkoppbane. De video 1 beskriver fremstillingen av en agarosegel. 

Både DNA og RNA inneholder fosfatgrupper ved hvert av deres monomere nukleotid. Derfor har de lik negativ ladning i hele molekylet. Videre migrerer de mot den positive elektroden under det elektriske feltet. Migrasjonshastigheten avhenger av størrelsen på nukleinsyren. Kortere molekyler migrerer raskere gjennom porene, mens de større tar litt tid.  

Figur 1: DNA-band på en agarosegel

Hva er SDS PAGE 

SDS PAGE (natriumdodecylsulfat-polyakrylamidgelelektroforese) er en analytisk teknikk som brukes til å separere ladede molekyler basert på størrelsen. I denne prosessen brukes SDS til å isolere proteiner ved å denaturere dem. Som SDS er et vaskemiddel; Den tertiære strukturen av proteiner forstyrres av den, og bringer det foldede protein ned i et lineært molekyl. Dessuten belegger det det lineære proteinmolekylet med en jevn negativ ladning. SDS PAGE består av to geler med forskjellige konsentrasjoner. Topplaget kalles stablingsgelen som prøvene lastes inn mens bunnlaget kalles oppløsningsgelen. Polyakrylamidkonsentrasjonen av stablingsgel er 3,5-4% (stor porestørrelse) og konsentrerer proteiner i ett bånd. Polyakrylamidkonsentrasjonen i oppløsningsgelen er 4-20% (liten porestørrelse) og separerer proteiner basert på deres størrelse. De video 2 viser utarbeidelsen av en SDS-side. 

SDS PAGE gir en rask separasjon av proteiner, som hjelper den etterfølgende analysen som Western blotting.  

Figur 2: Proteinbånd på SDS PAGE

Siden oppløsningskraften til SDS PAGE er høyere enn en vanlig agarosegel, hjelper SDS PAGE å skille små DNA-fragmenter med 5-500 bp i størrelse.  

Likheter mellom gelelektroforese og SDS-side 

• Gelelektroforese og SDS PAGE er teknikker som skiller makromolekyler basert på deres ladning og størrelse. 
• Begge teknikkene bruker en gelstokk med små porer gjennom hvilke makromolekyler beveger seg. 
• Drivkraften er den potensielle forskjellen mellom de to elektrodene. 

Forskjellen mellom gelelektroforese og SDS-side 

Definisjon 

Gel elektroforese: Teknikk brukes til å separere fragmenter av makromolekyler som DNA, RNA og proteiner basert på deres størrelse og ladning

SDS PAGE: En analytisk teknikk som brukes til å separere ladede molekyler basert på størrelsen 

sammensetning 

Gel elektroforese: Jevn gjennom hele gelen; bestående av agarose 

SDS PAGE: To geler med forskjellige konsentrasjoner; bestående av polyakrylamid 

Kjør konfigurasjon 

Gel elektroforese: Horisontell løp 

SDS PAGE: Vertikal løp 

Casting Methodology 

Gel elektroforese: Setter som det avkjøles 

SDS PAGE: Setter ved en kjemisk reaksjon 

Pore ​​Size 

Gel elektroforese: Porestørrelsen er ikke ensartet; høyere agarosekonsentrasjonen, mindre porestørrelsen 

SDS PAGE: Porestørrelsen er jevn; forholdet mellom akrylamid og bis-akrylamid bestemmer porestørrelsen 

Konsentrasjon 

Gel elektroforese: 0,5-2%  

SDS PAGE: 6-15% 

Atskillelse 

Gel elektroforese: 50-20.000 bp nukleinsyrer 

SDS PAGE: 5-250.000 Da proteiner 

Forhold 

Gel elektroforese: Kjører vanligvis under innfødte forhold 

SDS PAGE: Denatureringsbetingelser 

Forberedelse 

Gel elektroforese: Enkel 

SDS PAGE: En kompleks prosess 

farging 

Gel elektroforese: Med etidiumbromid 

SDS PAGE: Coomassie-farging eller sølvfarging  

Konklusjon 

Gelelektroforese er en analytisk teknikk som separerer makromolekyler som DNA, RNA og proteiner basert på deres størrelse. SDS PAGE er en type gelelektroforese som hovedsakelig brukes til å separere proteiner under denatureringsbetingelser. SDS PAGE har en høyere oppløsningsevne i forhold til vanlig gelelektroforese. Hovedforskjellen mellom gelelektroforese og SDS PAGE er typen av makromolekyler separert og deres fremgangsmåte. 

Henvisning:

1. "Gel Electrophoresis." Khan Academy, tilgjengelig her
2. "SDS Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE)." Diamantina Institute, 26. april 2017, tilgjengelig her

Bilde Courtesy:

1. "Gel elektroforese 2" Von Mnolf - Foto tatt i Innsbruck, Østerrike (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia 
2. "Coomassie3" Av Yikrazuul - Eget arbeid (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia