Forskjellen mellom PCR Primers og Sequencing Primers
Share
Nøkkelforskjell - PCR Primers vs sekvense~~POS=TRUNC primere
Med den siste utviklingen innen molekylærbiologi ble det utviklet forskjellige genetiske teknikker som gjorde utforskingsprosessene av forskjellige veier av emnet enkelt og nøyaktig. PCR og andre sekvenseringsprosedyrer er to viktige slike teknikker. De bruker forskjellige underkomponenter. Primers anses som den viktigste delkomponenten som er felles for både PCR og sekvenseringsteknikker. PCR-primere brukes for amplifisering av en bestemt DNA-sekvens mens sekvesterende primere brukes i sammenheng med sekvensering av et DNA-fragment med det formål å avsløre sin spesifikke rekkefølge av nukleotidsekvensen. Dette er nøkkelforskjell mellom PCR-primere og sekvenseringsprimere.
INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er PCR Primers
3. Hva er Sequencing Primers
4. Likheter mellom PCR Primers og Sequencing Primers
5. Side ved side sammenligning - PCR Primers vs Sequencing Primers i Tabular Form
6. Sammendrag
Hva er PCR Primers?
Polymerase Chain Reaction (PCR) er en genetisk teknikk som benyttes innen molekylærbiologi for å forsterke en enkelt eller få eksemplarer av et bestemt DNA-segment og for å oppnå mange millioner identiske kopier. I en PCR-reaksjon brukes forskjellige komponenter, inkludert primere. Primers er korte DNA-tråder med en nukleotidlengde på 18-25 som gjør dem kompatible med start- og endeområdet av DNA-fragmentene som skal amplifiseres. Primers kan være en fremre primer og revers primer. Disse primere binder til DNA-fragmentet ved de spesifikke punktene hvor det gjør DNA-polymerase til å binde til den spesifikke primeren på stedet og initiere syntesen av den nye DNA-streng.
Valget av primere er et viktig aspekt av PCR-prosessen. Valget av lengden av primeren er viktig. Den ideelle lengden ville være 18-25 nukleotider. Hvis lengden er for kort eller for lang, vil primrene ikke binde seg til DNA-sekvensen som skal forsterkes nøyaktig. Primerer som er for korte i lengden, fører til ikke-spesifikk primer-annealing på forskjellige steder av DNA-sekvensen.
Figur 01: PCR Primers
Guanin og Cytosin (GC) innhold i en god primer bør være i området 40-60. Primerglødningstemperaturen og smeltetemperaturen er viktige faktorer under PCR. Smeltetemperaturen skal beregnes nøyaktig, og primerglødningstemperaturen skal være 5 0C mindre enn smeltetemperaturen. Smeltetemperaturen skal være 60 ° C og 75 ° C. For høye eller for lave temperaturer vil resultere i mindre aktiv DNA-polymeraseaktivitet.
Hva er Sequencing Primers?
Sekvenseringsprimere brukes i sammenheng med sekvensering av et DNA-fragment med det formål å avsløre sin spesifikke identitet. For å oppnå gode sekvenseringsresultater er høyverdige primere og maler viktige. Når primere velges, bør de derfor være unike for en bestemt region der vi ønsker å sekvensere. Det bør også være med riktig orientering der sekvensene vanligvis genereres fra 3 'til 5' ender av primrene. Sekvensen bør mangle uønsket selvhybridisering, som for eksempel dannelsen av hårnålsløyfer. Det bør ikke inneholde sammenhengende dannelse av guaninbaser.
Smelttemperaturen (Tm) til primeren må være egnet for betingelsene for sekvenseringen. Derfor bør den ligge mellom 52oC og 74oC. Fremstilling av oligonukleotider som skal brukes som en primer, bør renses for å oppnå den ønskede full lengde av sekvensen. Hvis oligonukleotidene inneholder urenheter, vil primer-sekvens-signaleringen bli overlappet fra forskjellige priming-steder, og det vil også redusere antallet av basisceller.
Figur 02: Sequencing Primers
Primer-smeltetemperaturen (Tm) til et oligonukleotid bestemmer hvor sterk de komplementære DNA-strengene hybridiseres med hverandre. Tm kan betraktes som en termodynamisk beregning der den er avhengig av begge DNA-sekvenser og flere forhold som saltkonsentrasjon. Tm er viktig under PCR hvor en variant som kalles syklus-sekvensering, brukes til å fremstille en gruppe dideoxynukleotid-terminerte fragmenter. Her blir primeren som er sekvensert, først annealed, deretter utvidet og endelig denaturert for amplifisering. Derfor bør Tm-verdien være mellom 52oC og 74o C. Syntetiserte oligonukleotider kan fås fra DNA / RNA-syntese-laboratorier som per valg. Den lille skalaen av syntese som brukes til DNA-sekvensering er vanligvis 50 nmol. Også de viktigste primere som brukes til sekvensering, bør renses for å være fri for urenheter som vil forhindre kvalitetsreduksjon.
Hva er likhetene mellom PCR Primers og Sequencing Primers?
- Både PCR Primers og Sequencing Primers er primere som brukes i amplifikasjonsprosessen av en målrettet DNA-sekvens.
- Både PCR Primers og Sequencing Primers er sammensatt av nukleotider.
- Både PCR Primers og Sequencing Primers er korte oligomerer.
Hva er forskjellen mellom PCR Primers og Sequencing Primers?
PCR Primers vs Sequencing Primers | |
| PCR-primere er korte DNA-tråder med en nukleotidsekvenslengde på 18-25 som gjør dem kompatible med start- og endeområdet av DNA-fragmentene som skal amplifiseres. | Sekvenseringsprimere er korte oligomerer som brukes i sammenheng med sekvensering av et DNA-fragment med det formål å avsløre sin spesifikke identitet. |
| Funksjon | |
| PCR-primere brukes for amplifisering av en bestemt DNA-sekvens. | Sekvenseringsprimere brukes i sammenheng med sekvensering av et DNA-fragment med det formål å avsløre sin spesifikke identitet. |
| Antall primere som trengs | |
| To primere; en fremre primer og en revers primer brukes som PCR primere. | Trenger bare en primer som sekvenseringsprimer. |
Sammendrag - PCR Primers vs sekvense~~POS=TRUNC primere
Sekvenseringsprimere brukes i sammenheng med sekvensering av et DNA-fragment med det formål å avsløre sin spesifikke identitet. En sekvenseringsprimer vil være nok til å kjøre prosessen. For å oppnå gode sekvenseringsresultater er høykvalitets primere og maler viktige. Når primere velges, bør de derfor være unike for en bestemt region der vi ønsker å sekvensere. PCR-primere er korte DNA-tråder med en nukleotidlengde på 18-25 som er kompatibel med start- og endeområdet av DNA-fragmentene som skal amplifiseres. PCR-primere kan være en fremre primer og revers primer. Guanin og Cytosin (GC) innhold i en god primer bør være i området 40-60. Primerglødningstemperaturen og smeltetemperaturen er viktige aspekter under PCR. Dette er forskjellen mellom PCR-primere og sekvenseringsprimere.
Henvisning:
1. "Polymerase chain reaction (PCR)." Khan Academy. Tilgjengelig her
2. "Sequencing primere og primer design." Sequencing primere og primer design | University Core DNA Services | University of Calgary. Tilgjengelig her
Bilde Courtesy:
1.Primers RevComp'By Zephyris - eget arbeid, (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2.'DNA Sequencin 3 merkingsmetoder 'Abizar (original opplaster) på engelsk Wikipedia - Overført av Gustavocarra., (Public Domain) via Commons Wikimedia
