Forskjellen mellom Nick Translation og Primer Extension
Share
Nøkkelforskjell - Nick Translation vs Primer Extension
Nick oversettelse og primer forlengelse er to viktige teknikker utført i Molekylærbiologi. Hovedforskjellen mellom nickoversettelse og primerutvidelse er det nikkel oversettelse prosess produserer merkede prober for andre hybridisering teknikker samtidig som primer forlengelsesmetode identifiserer en spesifikk RNA-sekvens fra en blanding og avslører informasjon om ekspresjonen av mRNA. Begge teknikkene har stor betydning og utføres rutinemessig i molekylære laboratorier.
INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er Nick Translation
3. Hva er Primer Extension
4. Side ved side-sammenligning - Nick Translation vs Primer Extension
5. Sammendrag
Hva er Nick Translation?
Nick oversettelse er en viktig teknikk som brukes til å forberede merkede prober for ulike molekylærbiologiske teknikker som blotting, in situ hybridisering, fluorescerende in situ hybridisering etc. Det er en in vitro metode for DNA-merking. DNA-prober brukes til å identifisere spesifikke DNA- eller RNA-sekvenser. Ved hjelp av en merket probe kan spesifikke fragmenter merkes eller visualiseres fra en kompleks blanding av nukleinsyre. Derfor fremstilles merkede prober under anvendelse av forskjellige teknikker som skal anvendes for forskjellige teknikker. Nick oversettelse er en slik metode som produserer merkede prober ved hjelp av DNase 1 og DNA polymerase 1 enzymer.
Nick-oversettelsesprosessen starter med DNase 1-enzymaktivitet. DNase 1 introduserer nicks i fosfat-ryggraden i dobbeltstrenget DNA ved å kløve fosfodiesterbindinger mellom nukleotider. Når kallen er opprettet, vil 3 'OH-gruppe av nukleotidet bli gitt, og DNA-polymerase 1-enzym vil virke på det. 5 'til 3'-eksonukleaseaktivitet av DNA-polymerase 1 fjerner nukleotider fra nicket mot 3'-retningen til DNA-strengen. Samtidig virker polymeraseaktivitet av DNA polymerase 1 enzym og tilfører nukleotider for å erstatte de fjernede nukleotidene. Hvis nukleotidene ble merket, vil utskiftningen oppstå ved de merkede nukleotidene, og det vil markere DNA for identifikasjon. Dette nylig syntetiserte merkede DNA kan brukes som prober i forskjellige hybridiseringsreaksjoner i molekylærbiologi.
Figur 01: Nick oversettelse prosess
Hva er Primer Extension?
Primerforlengelse er en teknikk som brukes til å finne spesifikk RNA-sekvens fra en RNA-blanding og lokalisere 5'-enden av mRNA-transkripsjonen. Det brukes også til å studere strukturen av RNA og uttrykk. Primerforlengelsesmetode utføres med merkede primere eller med merkede nukleotider. Hvis merkede primere blir brukt, utelukker det behovet for å merke nukleotidene som brukes til syntese av cDNA. Det er flere trinn i denne teknikken. Den starter med utvinning av RNA fra prøven. Deretter tilsettes en merket oligonukleotidprimer til blandingen sammen med de nødvendige bestanddeler for å syntetisere cDNA av en spesifikk RNA-sekvens. Primer annealerer med den komplementære sekvensen fra blandingen. Ved å bruke primer-annealed-sekvensen som malen, syntetiserer enzym-revers transkriptase det komplementære DNA (cDNA) til RNA-sekvensen. Primerglødning og revers transkripsjon oppstår bare når den spesifikke RNA-sekvensen er tilstede i prøven. Til slutt, når denaturerende gelelektroforese utføres, kan størrelsen på RNA-sekvensen bestemmes. Det er også enkelt å finne 1 + basen av mRNA-sekvensen (transkripsjonsinitieringssted) ved hjelp av primer forlengelsesmetoden. Mengden av mRNA som er til stede i prøven, kan kvantifiseres ved denne metode dersom overskuddsprimer blir brukt.
Figur 02: Primerforlengelse
Hva er forskjellen mellom Nick Translation og Primer Extension?
Nick Translation vs Primer Extension | |
| Nick-oversettelse er en prosess som skaper merkede DNA-prober for ulike hybridiseringsreaksjoner. | Primerforlengelse er en teknikk som brukes til å finne spesifikt RNA eller å studere genuttrykk. |
| Enzymer brukt | |
| DNase 1 og DNA polymerase enzymer benyttes. | Omvendt transkriptase enzym er brukt. |
| Betydning | |
| Nick-oversettelse letter merkingen av spesifikke DNA-sekvenser. | Primerutvidelse muliggjør deteksjon av spesifikk mRNA-sekvensstørrelse og mengden tilstede i prøven. |
Sammendrag - Nick oversettelse vs Primer Extension
Nick-oversettelse er en metode som brukes til å syntetisere merkede prober basert på aktivitetene til DNase 1 og E coli DNA polymerase 1 enzymer. Det er en in vitro metode anvendt i laboratoriene før forskjellige hybridiseringsteknikker. Under nick-oversettelsen fjerner 5'-3'-eksonukleaseaktiviteten av DNA-polymerase 1 nukleotider før nick og polymeraseaktiviteten av DNA-polymerase 1 erstatter de fjernede nukleotidene med merkede nukleotider bak nikket. Primerforlengelse er en metode som brukes til å detektere et bestemt RNA-transkripsjon fra en blanding og kvantifisere størrelsen og mengden av interesse-RNA. Dette er forskjellen mellom nick oversettelse og primer forlengelse.
referanser
1. Reid, Alex. "Nick Translation." Springer. N.p., n.d. Web. 18. april 2017
2. "Primer Extension." National Diagnostics. N.p., n.d. Web. 19. april 2017
3. Kuo, M. T., og W. Plunkett. "Nick-oversettelse av metafasekromosomer: in vitro-merking av nuklease-overfølsomme regioner i kromosomer." Foredrag av Nasjonalt akademi for vitenskap i USA. U.S. National Library of Medicine, februar 1985. Web. 19. april 2017
4. Raymond et al. "Enkel, kvantitativ primer-forlengelse PCR-analyse for direkte overvåkning av mikroRNA og kort-interfererende RNAer." RNA. Copyright 2005 av RNA Society, november 2005. Web. 19. april 2017
Bilde Courtesy:
1. "Primer Extension Assay" Av Jjnmmnjj - Egentlig arbeid (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
