Differkinome

Forskjellen mellom Benzonase og DNase

Molekylbiologi
Share

Nøkkelforskjell - Benzonase vs DNase
  

Nedbrytning av nukleinsyrer er viktig for mange molekylærbiologi teknikker. Det er mye brukt i rekombinant DNA-teknologi for å kvitte seg med uønskede fragmenter av DNA og RNA. Nukleinsyre nedbrytende enzymer refereres til som nukleaser, og de kan være av forskjellige typer basert på den nødvendige funksjonen. Nukleaser som nedbryter DNA er kjent som DNaser, mens de som nedbryter RNA er kjent RNaser. Disse enzymer er mest brukt i in vitro eksperimenter der i vitro molekylære tester utføres for å isolere rent DNA, RNA eller proteiner. Benzonaser er en type nukleaser som nedbryter både DNA og RNA mens DNaser nedbryter bare DNA. Dette er nøkkelen forskjellen mellom Benzonase og DNase.

INNHOLD

1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er Benzonase
3. Hva er DNase
4. Likheter mellom Benzonase og DNase
5. Side ved side-sammenligning - Benzonase vs DNase i tabellform
6. Sammendrag

Hva er Benzonase?

Benzonase er en genetisk utviklet endonuklease fra Serratia marcescens. Dette enzymet er produsert i E coli verter i industriell skala. Benzonase er i stand til å spalte dobbeltstrenget DNA, lineært DNA, sirkulært DNA og enkeltstrenget RNA. Benzonase er således kommersielt viktig. Benzonase enzym er et protein dimer som har 245 identiske aminosyrer, ~ 30 kDa subenheter med to essensielle disulfidbindinger. Benzonase spalter nukleinsyrer ved sin 5'-ende og resulterer i fragmenter med gratis 5'end. Benzonase kan spalte nukleinsyrer i en hvilken som helst rekkefølge, men foretrekker GC-rike regioner.

Benzonase lagres ved -20 0C. Den optimale pH for enzymaktivitet er funnet å være 8,0-9,2. Anvendelsene av Benzonase inkluderer prøvepreparering for protein 2D gelelektroforese hvor Benzonase fjerner bundne nukleinsyrer og fjerning av nukleinsyreforurensninger fra rekombinante proteinpreparater. Det brukes også til å redusere viskositeten av proteinekstrakter og forhindre clumping av celler i en celleblanding.

Hva er DNase?

DNase er et nuklease, hydrolytisk enzym som bare er i stand til å spalte dobbeltstrenget DNA. Det er to hovedtyper av DNaser: DNase I og DNase II. DNase Jeg deltar i spalting av dobbeltstrenget DNA for å produsere polynukleotider med 5 'frie ender. DNase II er involvert i spalting av dobbeltstrenget DNA for å produsere polynukleotidstrenger med 3 'frie ender eller overheng.

DNase

DNase I fungerer ved en optimal pH mellom 7,0 - 8,0. Enzymeaktiviteten avhenger av mange ioniske koaktorer som inkluderer, Ca2+, mg2+ eller Mn2+. Aktiviteten til Mg2+ og Mn2+ bestemmer funksjonen til DNase I. I nærvær av Mg2+, DNase Jeg spalt hver streng av dsDNA uavhengig. Dette skjer på en tilfeldig måte. I kontrast, i nærvær av Mn2+, enzymet spalter begge DNA-strengene på omtrent samme sted. Denne spaltningen vil resultere i å produsere to typer DNA-fragmenter; en type med stumpe ender og en annen type med ett eller to nukleotidoverheng.

Figur 02: DNase

DNase II

DNase II fungerer ved en optimal pH på 4,5-5,0 og divalente metallioner er nødvendige for sin aktivitet, ligner DNase I. Mekanismen til DNase II er kjent for å bestå av tre hovedtrinn.

  1. Flere enkelstrengspauser er indusert i DNA-ryggraden.
  2. Syreoppløselige nukleotider og oligonukleotider fremstilles.
  3. Ikke-lineært hyperkromisk skift forekommer i siste fase.

De viktigste inhibitorene av DNase enzym inkluderer metall chelators, overgangsmetaller og kjemikalier som natriumdodecylsulfat og p-merkaptoetanol.

Hovedanvendelsene til DNase inkluderer fremstilling av DNA-fri RNA-ekstrakter og proteinekstrakter, og fjerning av mal-DNA under in vitro transkripsjonsforsøk.

Hva er likhetene mellom Benzonase og DNase?

  • Begge er hydrolytiske enzymer.
  • Begge er nukleaser.
  • Begge deltar ved å spalte fosfodiesterbindinger av nukleinsyrer.
  • Begge krever optimal pH og lagringstemperatur for å opprettholde enzymets aktivitet.
  • Inhibitorer av enzymer inkluderer chelateringsmidler, overgangsmetaller og vaskemiddelkemikalier.
  • Programmer er hovedsakelig fokusert på å skaffe høye renhetsekstrakter av DNA, RNA og proteiner.
  • Begge enzymer kan produseres via genteknologi.

Hva er forskjellen mellom Benzonase og DNase?

Benzonase vs DNase
Benzonase er et enzym som er i stand til å spalte dobbeltstrenget DNA, lineært DNA, sirkulært DNA og RNA. DNase er et enzym som er i stand til å spalte dobbeltstrenget DNA.
Substrat for enzymet
Både DNA og RNA er substrater for benzonase. DNA er substratet for DNase.
Struktur
Optimalt pH-område av Benzonase er 7,0-8,0 Optimale pH-områder av DNase I er 7,0 - 8,0 og DNase II er 4,5 - 5,0.

Sammendrag - Benzonase vs DNase

Nuklease enzymer er mye brukt i forskjellige eksperimentelle prosedyrer med hensyn til molekylærbiologi og genteknologi. Benzonase og DNase er to typer nukleaser. Benzonase er involvert i nedbrytning av både DNA og RNA mens DNase er involvert i spalting av dobbeltstrenget DNA. Dette er den grunnleggende forskjellen mellom benzonase og DNase. I dag produseres begge disse nukleasetyper gjennom rekombinant DNA-teknologi som gir høyere enzymer som er optimalisert for maksimal produksjon.

Last ned PDF versjon av Benzonase vs DNase

Du kan laste ned PDF-versjonen av denne artikkelen og bruke den til off-line formål som per sitatnotat. Vennligst last ned PDF-versjon her Forskjellen mellom Benzonase og DNase

referanser:

1. "Deoksyribonuklease I fra bovin pankreas D5025." Sigma-Aldrich, Tilgjengelig her. Tilgang 19 september 2017.
2. "Deoksyribonuklease II." Deoxyribonuklease II - Worthington Enzyme Manual, Tilgjengelig her. Tilgang 19 september 2017.

Bilde Courtesy:

1. "DNAs overfølsomt sted" av Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N, et al. - Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N, et al. (2012) Korrelasjon mellom DNase I Overfølsom områdefordeling og genuttrykk i HeLa S3-celler. PLoS ONE 7 (8): e42414. doi: 10,1371 / journal.pone.0042414 (CC BY-SA 2.5) via Commons Wikimedia

Molekylbiologi
×