Forskjellen mellom SYBR Green og Taqman
Share
Nøkkelforskjell - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green og Taqman er to metoder som brukes til å oppdage eller se amplifikasjonsprosessen av sanntids-PCR. SYBR Green er en metode basert på interkalering av nukleinsyre-fargestoffer, mens Taqman er en metode basert på hydrolysesonde. Begge teknologiene er utviklet for å generere fluorescens under PCR, noe som gjør at sanntids PCR-maskin kan overvåke reaksjonen i "sanntid". SYBR Green-metoden utføres ved å bruke et fluorescerende fargestoff som kalles SYBR-grønt og detekterer amplifikasjonen ved å binde fargestoffet til produsert dobbeltstrenget DNA. Taqman utføres ved bruk av dobbelt merkede prober og detekterer amplifikasjonen ved nedbrytning av sonden ved Taq polymerase og utgivelser av fluoroforen. Dette er nøkkelen forskjellen mellom SYBR Green og Taqman.
INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er SYBR Green
3. Hva er Taqman
4. Side ved side-sammenligning - SYBR Green vs Taqman
5. Sammendrag
Hva er SYBR Green?
SYBR Green er et fluorescerende fargestoff som brukes til å flekke nukleinsyrer, spesielt dobbeltstrenget DNA i molekylærbiologi. SYBR Green-metoden brukes til å kvantifisere PCR-produkter i sanntids-PCR. Når det binder seg til DNA, absorberer det resulterende DNA-fargekomplekset blått lys og gir sterkt grønt lys. Det skjer på grunn av strukturelle endringer som oppstår i fargemolekylet ved binding med dobbeltstrenget DNA. Når PCR skaper mer og mer DNA, binder flere fargemolekyler med DNA, noe som gir mer fluorescens. Derfor øker fluorescensen med PCR-produktets akkumulering. Mengden PCR-produkt kan følgelig måles kvantitativt ved SYBR Green fluorescensdeteksjon.
SYBR-grønn fargestoff kan også brukes til DNA-merking i cytometri og fluorescensmikroskopi. Etidiumbromid har blitt erstattet med SYBR Green siden Ethidiumbromid er et kreftfremkallende fargestoff med avfallsproblemer under DNA-visualisering i gelelektroforeseen.
Det er fordeler og ulemper med SYBR-grønn metode. Denne metoden er svært følsom, billig og enkel å bruke. På grunn av sin evne til å binde seg til et dobbeltstrenget DNA kan imidlertid ikke-spesifikk binding føre til overkvantifisering av PCR-produkt.
Figur 01: SYBR Grønn Teknikk
Hva er Taqman?
Taqman er en alternativ metode for SYBR Green å overvåke sanntids PCR-prosess. Denne metoden avhenger av 5'-3 'exonukleaseaktiviteten til Taq polymerase-enzymet for å nedbryte prober under forlengelsen av den nye streng og frigjøring av fluorofor. Dual-merkede prober brukes i denne metoden, og den er basert på hydrolyse av prober. Prober er fluorescensmerkede DNA-oligonukleotider som har et fluorescerende reportermolekyl (fluorofor) ved 5'-enden og et quenchermolekyl ved 3'-enden. De er designet for å binde seg til den enkeltstrengede malen på motsatt side av primer-annealen. Taq polymerase legger til nukleotider til primeren og strekker den nye strengen mot de dobbelte merkede prober. Når Taq-polymerasen oppfyller sonden, aktiverer og fjerner eksonuklease-virkningen av Taq-polymerasen sonden. Når det er ferdig med syntesen av den nye strengen, blir sonden underkastet fullstendig nedbrytning og frigjør fluoroforen. Frigivelsen av fluorofor genererer fluorescens. Fluorescerende Quencher-molekylet slukker effektivt det utstrålede lyset og skaper utdataene for kvantifisering av PCR-produktet. Frigivelsen av fluoroforer og mengden av PCR-produktene er proporsjonal. Derfor kan kvantifisering lett gjøres ved hjelp av Taqman-metoden.
Figur 02: Taqman Metode
Taqman-metoden brukes i sanntid-PCR, kvantifisering av genuttrykk, gjenkjenning av genetiske polymorfismer, kvantifisering av kromosomal DNA-deletjoner, bakteriell identifikasjon, verifisering av mikroarrayanalyse, SNP genotyping osv..
Hva er forskjellen mellom SYBR green og Taqman?
SYBR Green vs Taqman | |
| SYBR Green er basert på DNA-bindende fargestoff. | Taqman er avhengig av hybridiseringsprober og 5 'til 3' exonukleaseaktivitet av Taq-polymerase. |
| Fluorescens-merkede prober | |
| Ingen fluorescensmerkede prober kreves. | Doble merkede prober kreves. |
| Multipleksgenanalyse | |
| Det kan ikke brukes til multiplexgenmål. | Den kan brukes til multiplexgenmål. |
| Koste | |
| Dette er billigere. | Dette er dyrere. |
| spesifisitet | |
| Dette er mindre spesifikt og binder med ethvert dobbeltstreng DNA | Disse er svært spesifikke siden probene oppdager de spesifikke amplifikasjonsproduktene. |
| effektivitet | |
| Dette er mindre effektivt. | Dette er svært effektivt. |
| applikasjon | |
| Dette brukes i sanntids-PCR, agarosegelvisualisering, DNA-merking osv. | Dette brukes i sanntids-PCR, kvantifisering av genuttrykk, påvisning av genetiske polymorfismer, etc.. |
Sammendrag - SYBR Green og Taqman
Taqman og SYBR green er to metoder som brukes i sanntids-PCR (kvantitativ PCR). Begge metodene gjør det mulig å kvantifisere PCR-produktet effektivt og stole på utslipp av fluorescens. Taqman-metoden bruker to merkede prober for deteksjon av det akkumulerte DNA mens SYBR Green-metoden bruker et fluorescerende fargestoff. Begge disse metodene har også forskjellige anvendelser i molekylærbiologi.
Henvisning:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour og Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Sammenligning av SYBR Green og TaqMan metoder i kvantitativ real-time polymerase kjede reaksjonsanalyse av fire adenosin reseptor subtyper." Avansert Biomedical Research. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13. mars 2017.
2. "Real-time PCR grunnleggende prinsipper." Real Time PCR, Quantitative (qPCR), Primers & Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. 13. mars 2017.
3. "SYBR Green og Other Real-Time PCR Dyes." Biocompare. NP., 05. Apr. 2010. Web. 14. mars 2017
Bilde Courtesy:
1. "PCR med SYBR green" Av -Ygonaar 23:09, 7. mars 2006 (UTC) - Det er en graf opprettet av Ygonaar med Power Point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. "Taqman" Av bruker: Braindamaged - Eget arbeid (Public Domain) via Commons Wikimedia
