Forskjellen mellom genotyping og sekvensering
Share
Nøkkelforskjell - Genotyping vs sekvensering
Genotyping og sekvensering er to teknikker utført for å oppnå informasjon om nukleinsyrene, hovedsakelig DNA fra en organisme. Hovedforskjellen mellom genotyping og sekvensering er det genotyping er prosessen med å bestemme hvilken genetisk variant individet besitter ved bruk av markører mens sekvensering er bestemmelsen av den korrekte rekkefølgen av nukleotidsekvensen i det angitte fragmentet av DNA.
INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er Genotyping
3. Hva er sekvensering
4. Side ved side-sammenligning - Genotyping vs sekvensering
5. Sammendrag
Hva er Genotyping?
Genotyping er bestemmelsen av den genetiske sminke av et individ ved hjelp av en sekvens av DNA og markører og sammenligning og identifikasjon av arv. Genotyping er viktig i evolusjonærbiologi, populasjonsbiologi, taksonomi, økologi og genetikk av organismene. Det kan utføres ved hjelp av forskjellige teknikker, inkludert DNA-sekvensering, polymerasekjedereaksjon, restriktionsfragmentlengdepolymorfisme (RFLP), tilfeldig amplifisert polymorf deteksjon, amplifisert fragmentlengdepolymorfisme (AFLP), DNA-mikroarrays, etc..
Genotyping innebærer sekvensering av bestemte små fragmenter av DNA-sekvenser og å finne relaterthet av den genetiske sammensetning med andre individer ved bruk av genetiske markører. Det bestemmer single nucleotide polymorphisms (SNPs) blant individene eller de spesifikke alleler. Genotyping gjelder for et bredt spekter av organismer, inkludert mennesker. Det gjelder også for mikroorganismer som virus, sopp osv. Og kan brukes til å bestemme deres genetiske varianter med referanseprofilene. I molekylær epidemiologi og rettsmedisinske mikrobiologi, kontrolleres patogener, spesielt mikroorganismer, av informasjonen som er oppnådd ved genotyping. Genotyping er svært viktig i stamtavleanalyse. Mennesker er genotypet for å bekrefte morskap og fedskap. Genotype vil avsløre de dominerende og recessive alleler av gener som bestemmer spesifikke egenskaper.
Figur_1: RFLP Genotyping
Hva er sekvensering?
Sekvensering er prosessen med å bestemme den riktige rekkefølgen av nukleotidet i et gitt fragment av DNA eller RNA. Nesten all informasjon som kreves for vekst og utvikling av en organisme, er kodet i dens genom. Tilgjengeligheten av teknikker for å produsere og separere noen få hundre nukleotider lange nukleinsyrer fragmenter førte til utvikling av prosedyrer for å bestemme den nøyaktige nukleotidsekvensen av et gitt fragment av DNA eller RNA. Ulike typer sekvenseringsmetoder er tilgjengelige i dag. Disse sekvenseringsmetodene, sammen med teknologiene for konstruksjon av genombiblioteker som representerer hele genomet av en organisme, letter sekvenseringen av hele organismenes genom, og foretar grundig analyse av genstrukturer, genfunksjoner, gensteder, genuttrykk, gen kartlegging, genregulerende regioner osv.
Summen av mange virus, flere bakterier, archaebakterier, gjær og flere andre organismer har blitt sekvensert og kartlagt. Human genomprosjekt har gjort det mulig å sekvensere og kartlegge hele menneskets genom og publisere sitt første utkast i 2003. Det er en viktig milepæl i fremdriften av biologi. Humane genomsekvenser brukes nå i medisinsk sektor for å identifisere genetiske årsaker til sjeldne sykdommer, skjoldsykdomsrisiko hos nyfødte, identifisere genetiske detaljer for ulike kreftformer, utvikle nye terapeutiske midler og utvikle nye diagnostiske verktøy, etc.
I planteverdenen er risgenomet og Arabidopsis-genomene blitt sekvensert. Kunnskap om disse sekvensene vil utvilsomt revolusjonere vår forståelse av hvordan celler og organismer fungerer.
Figur_2: En autoradiograf av sanger-sekvensering
Hva er forskjellen mellom genotyping og sekvensering?
Genotyping vs sekvensering | |
| Genotyping er prosessen med å bestemme den genetiske sammensetningen til et individ og kontrollere gruppen eller taksonomien til den organismen. | Sekvensering er prosessen med å bestemme den nøyaktige rekkefølgen av nukleotider av et gitt DNA eller RNA-fragment. |
| teknikker | |
| RFLP, gensekvensering, PCR, DNA-mikroarrays, AFLP osv. | Sanger-sekvensering, Gilbert-sekvensering, Pyrosequencing, Next Generation Sequencing, Shotgun-sekvensering etc.. |
| Store bekymringer | |
| Dette er mer opptatt av om genotypeforskjellene gir de faktiske fenotypeforskjellene. | Dette er mer bekymret for rekkefølgen av nukleotidene og dens forskjeller og endringer med andre organismer. |
Sammendrag - Genotyping vs sekvensering
Genotyping og sekvensering er nyttige for å studere den genetiske informasjonen til organismer. Genotyping er prosessen med å bestemme genotypevariasjoner blant enkeltpersoner og finne kategorier. Sekvensering er prosessen med å bestemme den riktige rekkefølgen av nukleotidene i det interesserte fragmentet eller DNA-regionen. Begge teknikkene gir viktig informasjon om gener og genomene.
Henvisning:
1. "Genotyping metoder." Metoder i molekylærbiologi (Clifton, N.J.). U.S. National Library of Medicine, n.d. Web. 20. februar 2017.
2. Akey, J. M., D. Sosnoski, E. Parra, S. Dios, K. Heister, B. Su, C. Bonilla, L. Jin og M. D. Shriver. "Smeltekurveanalyse av SNPs (McSNP®): En gel-fri og billig metode for SNP-genotyping." BioTechniques 30.2 (2001): 358-67. web.
Bilde Courtesy:
1. "RFLP genotyping" Av (ukjent) - National Institutes of Health (Public Domain) via Commons Wikimedia
2. "Radioaktiv fluorescerende" Av Abizar på engelsk Wikipedia (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
