Selv om de begge representerer alternative medisiner, er det rart hvordan de troende av disse to skuddene fra medisinsk vitenskap aldri sammenlignet den ene med den andre, men alltid med allopatiske medisiner.
Ayurvedisk har vært i praksis i Sørøst-Asia for ioner mens homeopati har vært i praksis i tre århundrer. Begge følger en annen filosofi i å kurere sykdommer. Mens en ayurvedisk medisin kompletterer de vitenskapelige allopatiske medisinene, er homøopati mot det. Troende av ayurvediske medisiner hevder at det å være naturlig kan ikke skade en.
Ayurveda tror på å forebygge sykdom mens homeopati er basert på å kurere en sykdom. Yoga en del av ayurvedisk form for medisin brukes over hele verden som en form for behandling og er allment akseptert av det vitenskapelige samfunn. I ayurvedisk medisin er urter og massasjer ansatt for nød og berømt for å være mer naturlig.
I Ayurveda er det antatt at man kan forbli fri for noen sykdom ved å holde giftstoffer ut av kroppen. Det benytter også både orale medisiner laget av urter og krydder og kirurgiske prosedyrer for å skylle giftstoffer ut av kroppen; dermed herding sykdommer og ulike plager. I homeopati blir sykdommer kurert ved å introdusere symptomer som ligner sykdommen i en mye fortynnet form. Det antas at dette vil hjelpe livskraften til å nøytralisere sykdommen og dermed herding pasienten.
I følge homeopatifilosofien er det ikke kontaktet sykdommer, men har alltid vært tilstede i oss. Det er trodd av utøvere av homøopati at disse forstyrrelsene i livskraft er de viktigste årsakene til sykdommer og bør korrigeres for å kurere sykdommene.
Selv om både ayurveda og homeopati tror på betydningen av et positivt sinn, varierer de stort sett i deres behandlingsformer. Homøopati har alltid vært kritisk for allopatiske medisiner og mener at sykdommene behandlet av allopatiske medisiner aldri helt forlater kroppen, men det er bare redusert av dem og sykdommene kommer tilbake når effekten av disse legemidlene slites av.
Gyldigheten av disse legemidlene vil alltid forbli omstridt uten at noen avhengige seg til den andre.