Forskjellen mellom lophotrochozoa og ecdysozoa, de to store bilaterier, er omtalt i denne artikkelen. Basert på de nylige studiene som brukte kjernefysiske og mitokondrie-DNA-sekvenser, endret forskerne taksonomien til Animal Kingdom. Ifølge de nye molekylære fylogeniene identifiserer forskerne deutersomes som en egen naturlig gruppe. Videre er den største gruppen av protostomer delt inn i to monofyletiske bilaterale grupper som heter Lophotrochozoa og Ecdysozoa. Dyrariket består nå av tre store monofyletiske klader av bilaterale dyr; lophotrochozoa, ecdysozoa og deuterstomia. Kladedueterostomi er videre delt inn i to undergrupper; (a) ambulakrari, som inkluderer pighuder, og (b) akkordat, som omfatter urokordater, cefalokordater og vertebrater. Lophotrochozoa og ecdysozoa er videre delt inn i flere og flere undergrupper basert på deres molekylære fylogenier.
De karakteristiske egenskapene til gruppen lophotrochozoa er tilstedeværelsen av a trochophore larver og en fôringsstruktur kalt lophophore. Imidlertid har bare få lophotrochozoans begge disse karakteristiske egenskapene. Lophotrochozoans blir seksuelt gjengitt ved å frigjøre deres gameter i miljøet. Seksuell reproduksjon er også vanlig i denne kategorien. Hvert medlem av denne gruppen er triploblastisk og viser bilateral symmetri. Både terrestriske og akvatiske arter finnes i denne gruppen. Lophotrochozoa er delt inn i seks undergrupper; (a) Flatworms (Platyhelminthes, som inkluderer turbellarians, trematoder og cestodes), (b) Nemerteans (bånd ormer), Mollusks (chitons, snegler som snegler, slugger, nudibranchs, muslinger som muslinger og østers, blæksprutte som squids og blekksprut ), c) Annelider (polychaetene som sandorm og tubeworms, oligochaeter inkludert regnormer og ferskvann ormer, hirudinider, som inkluderer leeches), d) Lofophorater (grenodder, foronider og bryozoaner) og e) Rotifera (hjuldyr).
Navnet ecdysozoan er gitt til denne gruppen av dyr på grunn av tilstedeværelsen av spesielt steroidhormon som kalles ecdysteroid, som styrer prosessen som kalles ekdyse eller metamorfose. Ecdysozoans har et kutikulært skjelett og er i stand til å kaste skjelettet gjennom ekdysen. De fleste medlemmene i denne gruppen har separate kjønn. Under den seksuelle reproduksjonen legger menn sædemuskler inn i kroppens kropp. Mange ecdysozoans er ensomme arter, mens noen arter lever i kolonier. Enkelte arter viser aseksuell reproduksjon gjennom parthenogenese.
De viktigste undergruppene av ecdysozoan inkluderer nematodas (rundorm), onychophorans (fløyelorm), tardigrader ("vann bjørner") og leddyr. Phylum Arthropoda er den største gruppen med høyest antall arter og består hovedsakelig av myriapoder (tusenfugler, millipeder), chelicerater (hestekrabber, araknider), krepsdyr (hummer, krabber, barnacles, copepods) og heksapoder (insekter).
• Ecdysozoans har evnen til å kaste deres eksoskelet flere ganger gjennom hele levetiden, mens lophotrochozoan er dyrene som besitter en trokofor larver og en fôringsstruktur kalt lophophore.
• I motsetning til lophotrochozoan har ecdysozoans et spesielt steroidhormon kalt ecdysteroider.
• Ecdysozoa inkluderer nematoder, leddyr, onykophoraner og tardigrader, mens lophotrochozoan inkluderer flatmask, nemeraner, bløtdyr, annelider, lophophorat og rotifer.